Næringslivet har tradisjonelt vært sterkt preget av primærnæringene: jordbruk, fiske og fangst. Både kyst- og fjordstrøkene er, som resten av Nord-Norge, avhengig av primærnæringene. Jordbruket har gode betingelser hva angår jordsmonn, mindre gode betingelser når det gjelder klima. Fisket har tradisjonelt vært den viktigste av primærnæringene. Kommunen har i dag en variert fiskebåtflåte, med forholdsvis mange store båter som driver på helårsbasis. Den overveiende del av fangsten er torsk, sild og reker. Over Tromsø havn ble det 2004 ilandbrakt ca. 41 700 tonn torsk og torskeartet fisk, 41 000 tonn sild, brisling mv. og 26 500 tonn reker. Dette utgjør hhv. 47, 65 og 77 % av fylkets ilandbrakte fangster for de nevnte fiskeslag. Fangstene går både til eksport og til bearbeiding i kommunens egen fiskeforedlingsindustri. Oppdrettsnæring er også en viktig næring.
I dag er Tromsø en utpreget tjenesteytingskommune, der noe over 3/4 av kommunens yrkesaktive er ansatt i offentlig og privat tjenesteyting eller forretningsvirksomhet. Dette skyldes først og fremst Tromsøs rolle som sentrum for handel, undervisning og administrasjon. Byen har universitet med universitetssykehus og høyskole. Tromsø er sete for både fylkesadministrasjonen i Troms og for Fylkesmannen i Troms.
Viktigste industribransje etter sysselsetting er næringsmiddelindustrien, med nesten halvparten av de industrisysselsatte. Disse finnes innen fiskeforedlingsindustri samt i Mack's Ølbryggeri & Mineralvandfabrik. Verkstedsindustri er en viktig industrigren, med bl.a. Tromsø skipsverft (23 % av industriens sysselsatte), likeledes grafisk industri og forlag (15 %) med bl.a. avisene Nordlys, Nord-Norges største avis, og Tromsø. I Tromsø ligger også Troms Fylkes Dampskibsselskap A/S som opererer flere hurtigruter samt hurtiggående båter.