Sudan er området mellom Atlanterhavet og Rødehavet sør for Saharaørkenen. Begrepet kommer fra det arabiske utrykket "Bilad as-Sudan" som betyr "landet til de svarte menneskene" og ble brukt til å beskrive først og fremst regionen i dagens Sudan sør for Egypt. Selv om navnet Sudan nevnes i skriftlige kilder allerede i middelalderen, starter historien til staten Sudan med Mohammed Ali, Egypts leder i det 19. århundre, og hans hærs erobring av midtre Nilen og naboregionene. Likevel har regionene som kom under makten til myndighetene i den nye hovedstaten Khartoum - grunnlagt i 1821 av broren til Mohammed Ali - ganske mye felles historisk bakgrunn.

Fra oldtiden hadde den nordlige delen av Sudan nær forbindelse nordover til Egypt, og det er denne delen av Sudans eldste historie som er best dokumentert. Sudans eldste historie er nært knyttet til Nilen og de frodige områdene langs elven. I dagens Sør-Sudan danner  Nilvassdraget et stort sumpområde kalt Sudd. Dette var helt til nyere tid en barriere mot ekspansjon nordfra. Dette bidrog til at den selvstendige staten Sør-Sudan ikke kom under innflytelse av verken Det gamle Egypt, de kusjitiske statene, det kristne Nubia eller det islamske kalifatet.

Hovedperiodene av den eldre historien til det nordlige Sudan er også beskrevet i artikkelen Nubias historie.

Som i mange andre områder er ikke de forskjellige kulturer i den tidligste steinalderen så synlige. De store og grovt tilhuggete redskaper i Paleolitikum blir gradvis finere og allerede fra Mesolitikum lager folk langs midtre Nilen keramikk.

Kobber og bronse ble importert fra Det gamle Egypt til de nordligste delene av Sudan fra ca. 3000 f.v.t. Befolkningen i det nordlige Sudan delte dermed viktige kulturtrekk med bronsealderen i Egypt, Midtøsten og Europa.

Sør for Den 3. Nilkatarakten ble byen Kerma hovedsete i kongedømmet Kusj som er det tidligste komplekse samfunnet i Afrika sør for Egypt. Bosetningen og den store gravplassen ved Kerma ble etablert rundt 2500 f.v.t. Kongedømmet Kusj var på sitt høydepunkt i perioden 1750-1550 f.v.t.

Kerma ble erobret av Egypts 18. dynasti rundt 1550 f.v.t. Egypterne etablerte seg langs Nilen opp til Den 5. katarakten. Mange egyptiske urbane bosetninger, templer og hieroglyfiske innskrifter viser til deres kontroll over lange strekninger av Nilen i det nordlige Sudan. De egyptiske koloniene ble forlatt ca. 1200 f.v.t.

Perioden fra ca. 1000 fvt. til ca. 400 evt. er høydepunktet i Kusj sin kultur. Lokale konger tar over makten fra faraoene, men adopterer også deres maktmodeller, monumenter som pyramider, religiøse skikkelser og templer, skrift osv. Mellom 750 og 660 fvt blir kongene fra Napata (regionen rundt Jebel Barkal, Kurru, Sanam og Nuri) faraoer i det 25. dynastiet som skal bli kalt det kusjitiske dynastiet eller de svarte faraoene. Etter angrep fra den egyptiske hæren under Psammetikus flyttet hovedstaden sørover til regionen av dagens by Shendi. Den nye hovedstaden kalles Meroë, og her finnes i dag den største pyramidegravplassen i verden. Det meroitiske kongedømmet kom under innflytelse av det hellenistiske Egypt og det romerske imperium, men da Nilen i sentantikken mistet sin betydning for den romerske verdenen rundt Middelhavet, kollapset Meroë. Samtidig oppsto det etiopiske kongedømmet Aksum, som ble ansett som en av de fire største maktene i senantikkens verden (de andre var Roma, Persia og Kina).

Etter kollapsen til det meroitiske kongedømmet, tok minst tre nye kongedømmer over makten i Sudan. Nobadia mellom den første og den tredje Nilkatarakten; Makuria mellom den tredje katarakten og regionen rundt Atbara; og Alwa sør for Atbara. Disse kongedømmene var kristne med særtrekk fra den koptiske og den bysantiniske kristendommen. Gammelt nubisk, gresk, koptisk og arabisk ble alle brukt i disse flerspråklige statene. Deres makt varte i nesten 1000 år, i noe tilfeller enda lenger.

Islamske stater i Sudan: Den eneste staten som tok over makten etter  det makuritiske kongedømmets kollaps var Det osmanske riket. På øyen Sai finnes ruiner av det sørligste fortet til osmanere. Sør for den tredje katarakten var landet under kontroll av Funj-sultanatet. Mohammed Ali tilhørte den osmanske verden og hæren hans erobret Funj.

Fra slutten av 600-tallet tiltok den arabiske innvandringen også til Sudan, og islam fikk økende innflytelse. Sammenstøt mellom arabere og nubiere var hyppige, og arabisk press førte til at kongen av Makuria måtte inngå en freds- og handelsavtale (kjent som baqt) med muslimene.

Etter de første kontaktene, krig og avtalen i det 6. århundret fulgte en periode med relativ fred som kulminerte i perioden til Fatimidene (969-1169 evt.). Likevel da Ayyubidene erobret Egypt, valgte de en mer aggressiv politikk mot naboen i sør og angrep Nubia i 1169/70 evt.

Etter at mamelukkene etablerte  kontroll over Egypt i 1250, ble nye ekspedisjoner sendt mot Makuria, som ble kastet ut i kaos til en muslimsk konge satt på tronen i Gamle Dongola i 1317 evt. Bare små deler av Makuria og Alwa i sørøst fortsatte å være kristne etter denne perioden og opp mot 1500-tallet.

Deretter vokste Funj-riket frem. Høydepunktet for Funj-dynastiet var på midten av 1600-tallet, da riket strakk seg inn i Kordofan og underla seg bl.a. Takali-kongedømmet. Funj falt sammen da Egypt tok hovedstaden Sennar 1821.

Arabiseringen som fulgte islamiseringen, spredde seg også til det østlige Sudan, i mindre grad til de vanskeligere tilgjengelige sørlige deler.

I det vestlige Sudan vokste Fur-sultanatet frem på 1700-tallet; beliggende øst for Wadai, et rivaliserende sultanat innenfor Kayra-dynastiet, etablert i 1445. Fur (senere Darfur), med hovedsete ved Marra-fjellene og navn fra områdets opprinnelige befolkning (fur), ble et økonomisk og kulturelt senter basert på karavanehandel.

Nord-Sudan ble fra 1820 erobret av det osmanske Egypt. I 1821 ble Funj erobret og sultanen av Darfur overga seg. Det nilotiske Sudan, fra Nubia til Etiopia og til Darfur, ble innlemmet i det egyptiske riket under den ekspansive Muhammad Ali. Mange av de mindre statene ble oppløst, et sentralisert styre ble utøvd fra Khartoum, som ble utviklet som administrativ hovedstad.

De østlige deler, med Kassala og Suakin ble underlagt Khartoum i 1840, Equatoria i 1871, Bahr al-Ghazal i 1873, Darfur i 1874. Utstrakt lokal motstand ble slått ned med militær overmakt. Med britisk støtte ble egyptisk hegemoni gradvis etablert også over Sør-Sudan, og den egyptiske erobringen medførte at Sudan mot slutten av 1800-tallet for første gang var samlet til en moderne statsenhet.

I erobringen møtte de egyptisk-britiske ekspedisjonene motstand fra slavehandlere, som i deler av Sudan hadde utstrakt makt, og i praksis styrte store områder. Kampen for avskaffing av slaveriet var del av britenes motiv for å støtte den egyptiske koloniseringen. Egypts motiv var å styrke sin regionale posisjon, politisk og økonomisk. Til den økonomiske innflytelsen hørte etablering av moderne jordbruk og kommunikasjon, ikke minst for å åpne Sør-Sudan for handel, blant annet av elfenben og slaver.

Fra 1877 ble Charles George Gordon generalguvernør i Sudan. Hans reformer møtte motstand og svekket dermed sentralmakten. Da det i 1881 brøt ut opprør mot det egyptiske overherredømmet, overtok den religiøse leder Muhammad Ahmad ibn Abdallah, mahdien, makten. For en tid styrte mahdien en islamsk stat. Mahdiens styrker slo en egyptisk hær i 1883, og Sudan var tapt for Egypt.

Gordon vendte tilbake som generalguvernør i 1884 og ble drept av mahdiens tropper året etter, da mahdistene inntok Khartoum. Den nye mahdi, Khalifah Abdallah, tok kontroll over Darfur i vest og slo en etiopisk styrke i øst. Fremmarsjen i sør ble stanset av styrker fra fristaten Kongo (senere Belgisk Kongo). Deretter ble mahdiens hær slått av en egyptisk og britisk styrke, ledet av general Horatio Kitchener, i slaget ved Omdurman i september 1898. Derved var Sudan gjenerobret.

Storbritannias interesse for Sudan var knyttet til ønsket om kontroll over Nilen – og frykt for at andre kolonimakter skulle etablere seg der. En diplomatisk konfrontasjon, den såkalte Fashoda-krisen, inntrådte 1898, og truet med krig mellom Frankrike og Storbritannia. Fra 1899 ble Sudan styrt i fellesskap av Egypt og Storbritannia, som et kondominat, frem til selvstendigheten i 1956, men med Storbritannia som den dominerende part. En generalguvernør ble utnevnt av kediven av Egypt, men utvalgt av den britiske regjering.

Nord-Sudan aksepterte det egyptisk-britiske herredømmet raskere enn Sør-Sudan, hvor det var større og mer aktiv motstand. Men politisk motstand, i form av sudanesisk nasjonalisme, vokste først fram i nord, etter første verdenskrig. Et opprør ledet av utdannede sudanere i nord, ble slått ned 1924.

Det ble dannet flere politiske grupper som søkte selvstendighet, først Graduates' General Congress, som fikk avslag fra de britiske myndighetene på å bli offisielt talerør for sudanerne. En splittelse her førte til etableringen av Ummah-partiet, som ble en pådriver for selvstendighet – i samarbeid med britene.

Presset for selvstendighet førte i 1940-årene til at en lovgivende forsamling ble opprettet i 1948. Denne etterfulgte et styringsråd, som først ble opprettet kun med deltakelse fra nord, fra 1947 med representanter fra sør. Egypt reagerte i 1951 på opprettelsen av en lovgivende forsamling med å si opp den anglo-egyptiske traktaten av 1936, og erklærte unilateralt egyptiske styre over Sudan. Denne holdningen endret seg med revolusjonen i Egypt i 1952, hvoretter de nye makthaverne erklærte seg villige til å innrømme Sudan retten til selvstyre.

En ny anglo-egyptisk avtale i 1953 ga Sudan indre selvstyre i tre år, med tilbaketrekking av alle egyptiske og britiske styrker. De første valgene ble holdt i 1953, vunnet av National Unionist Party (NUP) med dets leder, Ismail al-Azhari, som Sudans første statsminister. NUP hadde gått til valg på enhet med Egypt – i motsetning til Ummah-partiet – og ble støttet av Egypt. Al-Azhari dannet regjering i 1954, også med representanter fra sør, hvor misnøyen i 1955 førte til at en gruppe soldater gikk til opprør; opprøret ble raskt slått ned. 

Sudan ble selvstendig 1. januar 1956. I 1958 tok hærsjefen, general Ibrahim Abboud, makten i et militærkupp, og etablerte et militært råd for å styre landet; politiske partier ble oppløst. Han ble selv tvunget til å gå av etter et sivilt opprør i 1964.

De påfølgende valgene i 1965 ble vunnet av Ummah-partiet, og en koalisjonsregjering ble dannet, uten at det lyktes å etablere politisk stabilitet i nord, eller fred i sør. I 1969 grep de militære på nytt makten under ledelse av oberst Gaafar Muhammad Nimeiri. Han innførte et radikalt styre i landet; banker og deler av næringslivet ble nasjonalisert, og et sosialistisk, statsbærende parti, Sudanese Socialist Union (SSU), dannet.

Nimeiri slo ned et kommuniststøttet kupp sommeren 1971, og ble samme år valgt til president – uten motkandidat. I Sør-Sudan ble Sudan African National Union (SANU) etablert 1962. Partiet krevde føderalt styresett, subsidiært selvstendighet; støttet av væpnet motstand.

Motstanden mot regjeringen i Khartoum var betydelig også i nord, både mot Abboud og Nimeiri. Opposisjonen mot Nimeiris styre arbeidet i eksil, der den til ulike tider fikk støtte fra blant annet Libya, Irak, Saudi-Arabia og Etiopia

På 1980-tallet fortsatte innflytelsen til konservative islamske krefter å gjøre seg gjeldende, blant annet påvirket av Det muslimske brorskap. Motstanden mot Nimeiris regime i sør økte etter at han i 1983 innførte sharia, islamsk lov, påskyndet av islamistenes innflytelse også i det militære. Borgerkrigen i Sør-Sudan brøt ut på ny i 1983, mye som følge av misnøye med Nimeiris regime.

Regimet i Khartoum svarte med en militær kampanje rettet særlig mot sivilbefolkningen, ved å ødelegge avlinger, forhindre matforsyninger, og fordrive folk fra sine hjem – med utstrakt nød i Sør-Sudan og omfattende internasjonal fordømmelse som følge.

I 1984 tillot presidenten flere tusen etiopiske jøder å bli evakuert til Israel. Samarbeidet med Israel svekket Nimeiris stilling ytterligere, og han ble avsatt i 1985. Etter en overgangsregjering ledet av forsvarssjef Abdel Rahman Swar ad-Dahab ble det avholdt parlamentsvalg i 1986, vunnet av tidligere statsminister Sadiq al-Mahdis Ummah-parti.

Al-Mahdi forsøkte å finne en fredelig løsning på krigen i Sør-Sudan, noe som mislyktes på grunn av motstand fra hans regjeringspartner Hassan al-Turabi og dennes National Islamic Front (NIF). Da al-Mahdi ble avsatt i et militærkupp i 1989, ledet av brigader Omar Hassan Ahmad al-Bashir, fikk al-Turabi økt innflytelse og ble i 1990-årene ansett som Sudans reelle leder. Derved hadde den fundamentalistiske islamistiske opposisjonen vunnet frem og fått politisk makt.

En rekke opposisjonsgrupper, partier og fagforeninger samlet seg fra 1989 i National Democratic Alliance (NDA). 

I 1992 trådte et utpekt parlament på 300 medlemmer sammen, som et første skritt på veien mot demokratisering. Nye politiske reformer i 1993 medførte innsetting av en sivil regjering dominert av NIF, og deretter til valg i 1996, da al-Bashir ble valgt til Sudans president og al-Turabi til parlamentspresident.

En ny grunnlov av 1999 ga noe større spillerom for en politisk opposisjon. I 1999 fant en tiltagende maktkamp mellom al-Bashir og al-Turabi sted, hvoretter sistnevnte mistet sin formelle makt; al-Tourabi satt fengslet i 2001-03 og i 2004-05. Al-Bashir oppløste parlamentet i 1999 og satte til side grunnloven. Parlamentet trådte sammen igjen 2001 etter valget året før, men unntakstilstanden ble videreført.

Ved valget, som ble boikottet av opposisjonen, ble al-Bashir gjenvalgt, etter å ha slått tidligere president Nimeiri. NCP vant 355 av 360 seter i nasjonalforsamlingen. Et mislykket kuppforsøkt fant sted i 2003. 

Som følge av fredsavtalen inngått mellom regjeringen og opprørsbevegelsen Sudan People's Liberation Movement (SPLM) i Sør-Sudan i 2005, ble setene i parlamentet og regjeringen fra samme år proporsjonalt fordelt, samtidig som det ble opprettet en egen regjering i det fra da autonome Sør-Sudan; presidenten her ble også visepresident i hele Sudan.

NCP ble i henhold til avtalen gitt 52 prosent av setene, SPLM 28 prosent, mens 20 prosent tilfalt opposisjonsgrupper (14 prosent til grupper i nord; 6 prosent til grupper i sør).

Den 9. juli 2011 ble Sør-Sudan en selvstendig stat. 

Sudans nyere historie har i stor utstrekning vært preget av politiske konflikter mellom den dominerende arabiske eliten og ulike deler av en sammensatt opposisjon, som også har gitt seg utslag i væpnet opprør og krig i flere deler av landet -- fremfor alt i Sør-Sudan og deretter særlig i Darfur vest i landet, men også i sentrale og østlige områder.

Konfliktene har ikke konsekvenser bare for Sudan, men også for regionen: Borgerkrigene i Sudan er nært knyttet til konflikter i flere naboland; særlig i Sentral-Afrika (Tsjad og Sentralafrikanske republikk, samt i Uganda og Kongo) og på Afrikas horn (Eritrea og Etiopia).

De væpnede konfliktene er alle ulike, og det er i utgangspunktet ikke direkte sammenheng med dem. Dog har de til felles at de er uttrykk for en opplevd politisk og økonomisk marginalisering, som den arabisk-dominerte sentralregjeringen står bak, vesentlig for å hegne om sin egen makt.

Det er også stor forskjell på aktørene i konfliktene: for eksempel har krigen i Sør-Sudan også har hatt en religiøs dimensjon gjennom at befolkningen der vesentlig er kristne og animister, som ble ytterligere provosert gjennom den islamistiske regjeringens innføring av sharia.

Til sammenligning har konflikten i Darfur heller en kulturell og økonomisk dimensjon – hele området er muslimsk, men folkegrupper som driver med ulik næring er kommet i konflikt grunnet forverrede naturgitte forhold: nomadiske husdyrholdere (vesentlig 'arabiske') mot fastboende jordbrukere (vesentlig 'afrikanere'). Den arabisk-dominerte sentralregjeringen støtter lokal 'arabisk' milits

Mens det i 2005 ble fred som følge av en fremforhandlet avtale i Sør-Sudan, brøt krigen i Darfur ut i 2003. Som en følge særlig av disse to krigene har Sudan det største antall internt fordrevne i verden, ca. 4-6 mill. i 2008, i tillegg til over en halv million flyktninger i nabolandene, de fleste fra Darfur til Tsjad. Den største andelen av de internt fordrevne har flyktet fra krigen i Sør-Sudan, mens tallet fra Darfur var anslått til rundt 2 millioner. I 2008 hadde over 1 million returnert til sine hjem i sør etter fredsslutningen 2005.

Krigen i Sør-Sudan er anslått til å ha kostet om lag 2 millioner menneskeliv; i Darfur ca. 300 000 (2008). 50 000-100 000 ble også fordrevet som følge av kamper mellom styrker fra Sudans og Sør-Sudans armeer i byen Abyei i det sentrale Sudan i mai 2008 – et utslag av fortsatt uoverensstemmelse mellom regjeringene i sør og nord om hvor grensen skal gå.

Abyei ligger i delstaten Sør-Kordofan, mellom Nord- og Sør-Sudan og på grensen til Darfur, i et område med betydelige oljeforekomster. Delstaten, skapt som følge av fredsavtalen 2005, er etnisk og religiøst sammensatt – med nuba-folket som det største, og truet av ytterligere konflikt.

President Bashir og presidenten i Sør-Sudan, Salva Kiir, ble enige om å la grensespørsmålet gå til internasjonal voldgift. Norge bidro til avtalen som bila konflikten om Abyei. Grensetvisten var i 2007 en viktig årsak til at SPLM for en tid trakk seg ut av Sudans regjering, hvilket skapte frykt for at fredsavtalen av 2005 ville opphøre. I likhet med Abyei-regionen ble de omstridte Nuba-fjellene inkludert i Sør-Kordofan som følge av fredsavtalen 2005. Her grep nuba-folket tidlig på 1990-tallet til våpen mot regjeringen i Khartoum, og konflikten ble bilagt gjennom en fredsavtale 2002, overvåket med internasjonal assistanse, blant annet fra Norge. Som følge av fredsavtalen av 2005 ble det inngått løsninger om maktfordeling mellom NIC og SPLM i flere omstridte områder, inkludert Den blå Nil og Nuba. 

I 2008 ble president al-Bashir siktet av Den internasjonale straffedomstolen (ICC) i Haag, for krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten, knyttet til hans ansvar for overgrep mot sivilbefolkningen under krigen i Darfur. Arrestordre ble utstedt i mars 2009.

I 2010 ble siktelsen utvidet til å omfatte folkemord. Sudans regjering fordømte anklagene og nektet å utlevere presidenten, og reagerte blant annet med å utvise internasjonale hjelpeorganisasjoner fra Darfur. I april 2010 ble Bashir gjenvalgt som president, i de første valg med flere kandidater siden 1986. Samtidig ble det påpekt at politisk frihet ble ytterligere kneblet i Sudan, inkludert arrestasjoner av opposisjonelle, og at mer makt ble sentralisert rundt Bashir.

Til tross for flere fredsprosesser og våpenhviler, fremfor alt for Sør-Sudan, fortsatte væpnede konflikter flere steder i landet, særlig i Darfur, men også i provinsene Den blå Nil og Sør-Kordofan, samt i grenseområdet Abyei. Sammenstøt mellom regjeringsstyrker og milits fant også sted øst i landet. 

Det dominerende temaet i sudansk politikk siden selvstendigheten har vært forholdet mellom nord og sør, som i flere perioder har ført til omfattende borgerkrig, frem til våpenhvile ble inngått 2005.

Konflikten har flere etniske, religiøse og økonomiske dimensjoner, men fremstår primært som en konflikt mellom det dominerende, vesentlig islamske, Nord-Sudan og det dels kristne, dels animistiske Sør-Sudan. Den sørlige delen av landet har alltid følt seg neglisjert politisk og økonomisk av den herskende eliten i nord, selv om mye av landets rikdom er å finne i sør, blant annet størstedelen av oljen. Borgerkrigen i Sør-Sudan har derfor vesentlig stått om retten til selvstyre og dermed selvbestemmelse over religionsutøvelse og medbestemmelse over forvaltning av landets økonomiske verdier. Samtidig som det i sør har vært ført krig mot regjeringen i nord, har det vært indre uoverensstemmelser i Sør-Sudan, også innen den dominerende politiske bevegelsen, Sudan People's Liberation Movement (SPLM). I spørsmålet om regionens fremtid ønsket enkelte å inngå som en autonom del av et forent Sudan, andre ønsket full selvstendighet og løsrivelse fra Sudan.

Den første borgerkrigen i Sør-Sudan varte 1955–72. Den organiserte motstanden tok til da geriljabevegelsen Anyanya ble dannet 1963, og som – støttet av sin politiske gren, Southern Sudan Liberation Movement (SSLM) – kjempet til en fredsavtale ble inngått i 1972; den såkalte Addis Abeba-overenskomsten, som ga Sør-Sudan indre selvstyre.

Krigen ble gjenopptatt 1983 av Anyanyas arvtaker Sudan People's Liberation Army (SPLA), og dens politiske del, SPLM. Bakgrunnen for den nye borgerkrigen var innføring av sharia-lovgivning også i sør, samt en inndeling av Sør-Sudan i tre provinser, som i realiteten innebar at fredsavtalen av 1972 ble brutt fra regjeringens side. Det nye opprøret startet med støtte fra medlemmer av regjeringshæren, derunder oberst John Garang de Mabior, som forble SPLAs leder frem til sin død i 2005. Kravet til SPLM/SPLA var fra starten utstrakt selvstyre i et forent Sudan, alternativt selvstendighet for Sør-Sudan. Midt på 1990-tallet ble krigen trappet opp gjennom at regjeringen erklærte hellig krig, jihad, mot opprørerne i Sør-Sudan. Men på tross av flere regjeringsoffensiver lyktes det ikke å slå SPLA.

Samtidig som SPLA fikk med seg flere grupper i kampen mot regjeringen i Khartoum, kom det fra tidlig på 1990-tallet til indre strid i SPLA, med splittelse i to fraksjoner 1991. Splittelsen skjedde dels etter etniske linjer, hvor SPLA, ledet av Garang, sto sterkest blant dinkaene, utbryterne, ledet av Riek Machar, sikret seg oppslutning blant nubierne. Samme år ble SPLA svekket ved at Etiopias militærjunta ble styrtet. Opprørerne i Sudan ble støttet av Etiopia, mens Sudan støttet den eritreiske frigjøringsbevegelsen som kjempet mot Etiopia. SPLA ble svekket til 1997, da bevegelsen igjen styrket sin militære posisjon. Ytterligere splittelser fant sted i 1990-årene, og enkelte opposisjonsgrupper, blant annet South Sudan Independence Movement (SSIM), inngikk 1997 separate fredsavtaler med regjeringen.

Krigen i Sør-Sudan var i 1980- og 1990-årene den verste av Afrikas konflikter. Begge parter ble anklaget for å stå bak grove brudd på menneskerettighetene, og både regjeringen og SPLA er beskyldt for å tvangsrekruttere soldater, deriblant barn. Krigen bidro også til hungerkatastrofer sør i landet, som har vært en ytterligere årsak til at om lag 4,5 millioner mennesker ble internt fordrevet i slutten av 1990-årene; ytterligere én million flyktet til nabolandene. Det er antatt at rundt to millioner mennesker mistet livet som følge av krigen, som krevde storstilt humanitær innsats. Denne ble i vesentlig grad forhindret av Sudans regjering, og hjelpen til Sør-Sudan måtte i hovedsak tas inn fra Kenya.

Fredsforhandlingene om Sør-Sudan tok til 2002, men først i 2005 ble det etter internasjonal mekling inngått en fredsavtale (Comprehensive Peace Agreement, CPA), som besto av flere avtaler og protokoller undertegnet over en lengre periode. Forhandlinger ble ført under ledelse av den regionale organisasjonen IGAD; Norge og USA spilte også en sentral rolle. Som en del av prosessen ble en uavhengig observatørgruppe med forankring i USA, Civilian Protection Monitoring Team (CPMT), satt inn 2002, i henhold til en avtale mellom partene om beskyttelse av sivile. Deretter satte IGAD inn en internasjonal gruppe i 2003, Verification and Monitoring Team (VMT), som dels overtok oppgavene etter CPMT. En gruppe land, koordinert av Sveits og med deltakelse fra Norge, sto bak en overvåkingsmekanisme i Nuba-fjellene, Joint Military Commission (JMC) -- også en del av fredsprosessen for Sør-Sudan.

JMC besto av utenlandske observatører, samt militært personell fra de to partene, under ledelsene av den norske brigaderen Jan-Erik Wilhelmsen -- og hadde som oppgave å overvåke den separate fredsavtalen om Nuba-fjellene, inngått mellom Sudan regjering og SPLM i januar 2002. JMC overdro i 2005 sine oppgaver til FN-styrken United Nations Mission in the Sudan. I mai 2004 ble flere avtaler mellom regjeringen og SPLM inngått i Naivasha, Kenya, basert på den såkalte Machakos-protokollen, som i 2002 ble inngått mellom regjeringen og SPLM. På grunnlag av disse ble en fullstendig fredsavtale med permanent våpenhvile inngått; endelig undertegnet 9. januar 2005. Avtalen omfattet en rekke forhold, hvor det viktigste er autonomi for Sør-Sudan i seks år, hvoretter det skulle avholdes en folkeavstemning om regionens fremtid, med løsrivelse og egen statsdannelse som ett alternativ. Som følge av avtalen fikk Sør-Sudan sin egen regjering og egen president, med hovedsete i Juba.

Andre sentrale spørsmål omhandler fordeling av sentrale stillinger i sentraladministrasjonen, fordeling av oljeinntektene og opphevelse av sharia-lovgivningen i sør. Ved siden av politisk makt har Sudans store oljeforekomster spilt en betydelig rolle i fredsprosessen: Både sentralmyndighetene i Khartoum og regional-regjeringen i Juba er avhengig av inntektene fra eksporten av olje, som de etter avtalen av 2005, på hver sin kant, brukte til å bygge opp sine respektive væpnede styrker. Opposisjonelle i øst og nord har stilt krav om at større deler av de oljebaserte inntektene skal tilfalle utviklingsformål i disse områdene. Et sentralt underliggende forhold ved avtalen var at den skulle bidra til en slutt på marginaliseringen av Sør-Sudan samt åpne for økte ressurser også til andre marginaliserte områder av landet, finansiert gjennom inntekter fra oljeeksporten. 

Som følge av fredsprosessen ble det etablert en ny sudansk regjering for en overgangsperiode på seks år, samt en ny nasjonalforsamling, hvor regjeringspartiet NCP fikk 52 prosent av representantene, SPLM 28 prosent; de øvrige ble fordelt mellom opposisjonspartier. SPLM ble tildelt embetet som visepresident, som tilfalt SPLMs leder John Garang; Omar al-Bashir fortsatte som president. Før den nye regjeringen ble innsatt, omkom Garang i en helikopterstyrt 30. juli 2005, og ble etterfulgt av Salva Kiir Mayardit. I Sør-Sudans regjering ble SPLM i henhold til fredsavtalen tildelt 70 prosent av setene, og NCP 10 prosent; de øvrige 20 prosentene ble fordelt på andre partier i sør. Maktfordelingen på delstatsnivå ble også regulert. Spesielle forordninger gjaldt delstatene Sør-Kordofan, Den blå Nil og Abyei-regionen, som ligger utenfor hva som er definert som Sør-Sudan, men som politisk og kulturelt er nært knyttet til denne landsdelen.

I henhold til fredsavtalen skulle styrker fra Sudans hær trekke seg ut av Sør-Sudan, og et forent forsvar bygges opp, parallelt med en reduksjon i antall soldater på begge sider; et FN-støttet avvæpningsprogram som omfattet 180 000 soldater ble igangsatt i 2009. Samtidig beholdt - og styrket - SPLM sin militære gren SPLA som statens eget forsvar, og begge sider rustet opp. Et alvorlig brudd på våpenhvilen fant sted i november 2006, da det brøt ut kamper mellom SPLA og regjeringsstøttet milits ved byen Malakal. Fredsslutningen gjennomgikk en ny kritisk fase da SPLM i oktober-desember 2007 gikk ut av sentralregjeringen idet partiet anså at fredsavtalen ikke ble overholdt, blant annet ved at regjeringssoldater fra nord ikke var trukket ut av oljefeltene i sør. Freden var videre under press som følge av kamper om Abyei i mai 2008. Nye kamper fulgte i Abyei, også etter at Sør-Sudan ble etablert som selvstendig stat, og en egen FN-operasjon ble satt inn der i 2011: United Nations Interim Security Force in Abyei (UNIFSA).

Med bakgrunn i fredsavtalen vedtok FNs sikkerhetsråd i 2005 å etablere en militær styrke for å overvåke fredsavtalen, United Nations Mission in the Sudan, med deltakelse også fra Norge. Forut for denne ble en politisk misjon, United Nations Advance Mission in the Sudan (UNAMIS), etablert i 2004 for å forberede den militære innsatsen. UNAMIS fikk samme år utvidet sitt mandat til også å omfatte oppgaver knyttet til konflikten i Darfur. Den norske diplomaten Tom Vraalsen ble i 2005 utpekt av Sudans president til å lede en internasjonal fredskommisjon i Sudan som fikk i oppgave å overvåke fredsavtalen for Sør-Sudan, samt følge utviklingen i Darfur. Vraalsen ble i 2008 etterfulgt av Derek Plumbly fra Storbritannia.

I tråd med våpenhvileavtalen ble en folkeavstemning om Sør-Sudans fremtid avholdt 7. februar 2011, der 98,8 prosent stemte for løsrivelse. Sør-Sudan ble deretter selvstendig stat 9. juli 2011. Sudan aksepterte avstemningen, og godkjente løsrivelsen. Forholdet mellom de to statene innebar like fullt en viss spenning, understreket ved at regjeringen i Sør-Sudan i mars avbrøt samtalene med Sudan, og beskyldte regjeringen der for å planlegge et kupp i sør. Etter selvstendigheten gjenstår flere uavklarte spørsmål, herunder grensedragning og fremtiden til Abyei; sistnevnte situasjon ble sommeren 2011 ytterligere militarisert etter at sudanske styrker inntok området, og en egen FN-styrke, United Nations Interim Security Force in Abyei (UNISFA), ble satt inn. Situasjonen i Abyei er en potensiell kime til konflikt mellom de to Sudan-statene. Partene ble i juni 2011 enige om å etablere en demilitarisert sone på ti kilometers dybde på hver side av grenselinjen, etablert etter mekling fra Den afrikanske union, under ledelse av Sør-Afrikas tidligere president Thabo Mbeki. Flere økonomiske anliggender var ved selvstendigheten også uavklart, herunder fordeling av oljeinntekter og gjeld, likeledes spørsmål om statsborgerskap i henholdsvis Sudan og Sør-Sudan. Ved splittelsen endte anslagsvis en firedel av den gamle statens samlede befolkning i Sør-Sudan, som utgjør rundt en tredel av samlet landareal. Opp mot 80 prosent av de kjente oljeforekomstene finnes i Sør-Sudan. 

Krigen i Vest-Sudan (Darfur) har bidratt til å understreke de dype kulturelle konfliktlinjer i Sudan, med motsetninger mellom vanskelig definerbare etniske grupper, og som har lange historiske røtter. Mens skillet mellom muslimer og kristne er tydelig, er det etniske skillet mellom «arabere» og «afrikanere» utydelig, all den tid «araberne» gjennom flere hundre år er inngiftet med «afrikanske» folkeslag og ikke utgjør noen entydig eller distinkt gruppe. Konflikten i Darfur er til dels et utslag av en politikk der «arabiske» grupper har som ønske å fordrive «afrikanere» fra området, dels er den en følge av økonomiske og sosiale forhold som er blitt forverret både som følge av endrede naturgitte forhold og neglisjering fra sentralregjeringen i Khartoum. I motsetning til i Sør-Sudan har krigen i Darfur ikke den religiøse dimensjonen; hele befolkningen i Darfur er muslimer, i likhet med det politiske regimet i Khartoum.

Konflikten i Darfur-provinsen har bakgrunn i sosiale og økonomiske motsetninger som kom til overflaten på 1980-tallet. De tre Darfur-statene er hjemstavnen til fur-folket, områdets dominerende folkegruppe; zaghawa og messalit er andre viktige grupper. Disse afrikanske jordbruksfolkene har i tiltagende grad kommet i konflikt med sudanske nomader fra det arabiskdominerte nord. Mens nomadene tidligere fikk tilgang på beiteområder i jordbruksområdene, i samforstand med de bofaste bøndene, ble det strid om denne ressursen etter at flere tørkeperioder på 1980-tallet hadde redusert beitelandet, hvorpå nomadene under sine vandringer trengte seg inn i nye landområder. Tidlig på 2000-tallet utviklet denne motsetningen seg til et væpnet opprør mot de sentrale myndigheter. Opprøret bunnet, som i andre deler av Sudan, vesentlig i opplevd marginalisering, med liten investering i utvikling av regionen. Krigen i Darfur regnes å ha startet 2003, med angrep fra opprørsgrupper mot installasjoner tilhørende regjeringen, først mot flyplassen i delstatshovedstaden El Fasher, hvorpå regjeringen iverksatte en militær og politisk kampanje i regionen.

To geriljagrupper, Sudan Liberation Movement Army (SLMA) og Justice and Equality Movement (JEM), har utfordret regjeringens kontroll i Darfur militært. SLMA, dannet 2001 som Darfur Liberation Front, står sør-sudanske SPLA nær, mens JEM er knyttet til islamistlederen Hassan al-Turabi. JEM har politisk-religiøse mål, SLMA er en sekulær bevegelse; JEM kjemper for et islamistisk Sudan, SLMAs ønsker et forent, demokratisk Sudan. SLMA og JEM rettet begge militære angrep mot sudanske myndigheter i Darfur og ble møtt av en arabisk milits, Janjaweed, som regjeringen har satt inn mot geriljaen, men vesentlig mot sivile mål. Janjaweed er ingen organisasjon med politiske mål, men et militært instrument for regjeringen, som imidlertid aviser at den har kontroll med gruppen. Den militære forbindelsen mellom regjeringen og Janjaweed, i form av våpenforsyninger og direkte støtte under operasjoner, er dog påvist fra flere internasjonale hold. Janjaweed anses langt på vei for å utføre systematisk bandittvirksomhet, og den har tatt i bruk utstrakt terror mot og overgrep overfor sivilbefolkningen, med ran og voldtekt, ødeleggelse av landsbyer og fordriving av folk. Regjeringen er beskyldt for å utnytte opprøret til å iverksette en etnisk rensing i Darfur, og til å stille folkegrupper opp mot hverandre. FN har holdt Sudans myndigheter ansvarlig for katastrofen i Darfur, som USAs regjering i 2004 erklærte som et folkemord.

En humanitær våpenhvile ble inngått mellom Sudans regjering og SLMA og JEM, etter mekling fra regjeringen i Tsjad, i N'djamena, april 2004. Den afrikanske union engasjerte seg i konflikten og satte inn observatører i Darfur, AU Mission in Sudan. Samtidig ble FN-styrken UNAMIS gitt i oppdrag å støtte AMIS og følge regjeringens forpliktelser. FNs generalsekretær etablerte en kommisjon for å undersøke rapporter om brudd på internasjonal lov og vurdere påstanden om folkemord. I sin rapport fra 2005 konkluderte kommisjonen med at regjeringen og Janjaweed var skyldig i alvorlige brudd på internasjonal rett og på menneskerettighetene, og at de fleste angrep var målbevisst rettet mot sivile og nærmet seg forbrytelser mot menneskeheten, men ikke at det ble ført en politikk for folkemord.

Sudans regjering etablerte i 2005 en særdomstol for dem som anklages for krigsforbrytelser i Darfur. Den afrikanske union (AU) fremforhandlet våpenhvileavtalen Darfur Peace Agreement mellom regjeringen og SLMA-fraksjonen ledet av Minni Minnawi, inngått i Abuja, Nigeria i mai 2006. AUs forhandlinger skjedde parallelt med drøftinger i FNs sikkerhetsråd, som gjennom flere resolusjoner krevde opphør i voldshandlingene og at regjeringen skulle avvæpne Janjaweed og stille dens ledere til ansvar. Sudan undertegnet en avtale med FN der regjeringen påtok seg ansvaret for å avvæpne gruppen – hvilket ikke skjedde. I oktober 2008 inviterte regjeringen opprørsgrupper til samtaler, som resulterte i bekjentgjøring av en unilateral våpenhvile som raskt ble brutt. I februar 2009 ble en intensjonsavtale for fred i Darfur undertegnet av Sudans regjering og JEM, etter forhandlinger i Doha, Qatar.

Konflikten i Darfur er ytterligere komplisert som følge av splittelser innad i geriljagruppene, blant annet ved at en fraksjon ble presset ut av SLMA i 2005. Begge gruppene deltok i forhandlingene, i likhet med JEM, men bare fraksjonen ledet av Minni Minnawi undertegnet avtalen; han ble deretter utnevnt til rådgiver for Sudans president, og ble samtidig leder for en ny, semiautonom regjering for Darfur. Minnawis fraksjon av SLMA har særlig forankring blant zaghawa; den andre delen, ledet av Abdel Wahid Mohamed al-Nur, har støtte særlig fra fur.

En ikke tilsiktet effekt av avtalen var framveksten av ytterligere fraksjoner og militsgrupper, hvorav mange gikk sammen i paraplyorganisasjonen National Redemption Front (NRF), etablert i 2006 av grupper som motsatte seg fredsavtalen. SLMA og JEM kunngjorde i 2006 å gå sammen, men deltok i påfølgende forhandlinger som to separate organisasjoner. Ifølge fredsavtalen skulle militsgruppene oppløses og opprørssoldater integreres i regjeringshæren. Videre stipulerte den en fordeling av politisk makt og økonomiske ressurser mellom sentralregjeringen og lokale myndigheter, samt forordninger for å bedre sikkerhetssituasjonen. Fredsavtalen ble ikke blitt gjennomført, og det har ikke lyktes å finne en fredsløsning. Det store antall grupperinger og fraksjoner, som det ikke har lykkes å samle til felles forhandlinger, er blitt et vesentlig hinder for løsning på konflikten. Dette medvirket også til at fredssamtaler mellom regjeringen og flere opprørsgrupper, avholdt i Sirte, Libya i oktober 2007, ikke ga resultat. Påfølgende samtaler initiert av SPLM i Juba førte til en viss konsolidering av opprørsgruppene, som senere igjen er blitt ytterligere fragmentert.

Fredsavtalen førte ikke til opphør i krigshandlingene, som eskalerte i 2006-07. Avtalen ble fulgt opp av internasjonalt press, ikke minst fra USA, for å forsterke fredsstyrken fra AU, som med sine 7000-11 000 soldater ble ansett som alt for liten. Sudan stilte seg avventende, og til dels avvisende, til innsetting av en FN-styrke til erstatning for AU-styrken. President al-Bashir har motsatt seg det han kalte "rekolonisering av Sudan" ved innsetting av utenlandske styrker i Darfur, og i særdeleshet fra FN. Sudan avviste følgelig FNs resolusjon fra august 2006, da Sikkerhetsrådet besluttet å sende 17 500 soldater og 3000 polititjenestemenn fra FN til Darfur, gjennom en utvidelse av mandatet til United Nations Advance Mission in the Sudan (UNAMIS), som 2004/05 ble satt inn i Sør-Sudan. Også en påfølgende løsning, en felles styrke med tropper både fra FN og AU, ble avvist av Sudans regjering før al-Bashir deretter aksepterte en slik løsning, men med en mer begrenset deltakelse av FN-soldater enn forutsatt.

Norge svarte i 2007 positivt på FNs forespørsel om deltakelse i UNAMIS og forberedte en felles ingeniørstyrke med Sverige, men Sudans regjering nektet å akseptere avdelinger fra Norge og Sverige, så vel som fra enkelte andre land. Både Norge og Sverige har derimot bidratt med stabsoffiserer. Den nye FN-styrken, African Union/United Nations Hybrid Operation in Darfur (UNAMID), med hovedkvarter i El Fasher, tok formelt over fra AMIS ved årsskiftet 2007/08. UNAMIDs autoriserte styrke er på om lag 26 000 uniformert personell, hvorav 19 555 soldater og 6432 polititjenestemenn. Ved inngangen til 2009 var styrken på om lag 15 000. Styrkens hovedoppgave, gjennom mandat gitt av Sikkerhetsrådet, er å beskytte sivile, samt å bidra til sikkerhet for humanitær assistanse. Begge deler viste seg vanskelig grunnet et stort område og mangelfull styrke. EU etablerte en militær operasjon, EUFOR, for kortvarig innsats og med FN-mandat til beskyttelse av flyktninger og den humanitære hjelpeinnsatsen, i grensetrakten mellom Sudan (Darfur) og Tsjad. Styrken ble innsatt i mars 2008 og trukket ut i mars 2009; størstedelen av de 3500 soldatene ble overført til UNAMID.

Situasjonen i Darfur etter 2003 er ansett som den alvorligste humanitære krise i Afrika, med omfattende overgrep mot sivilbefolkningen, anslagsvis 300 000 drepte og over 2 millioner mennesker drevet på flukt. Fordrivingen av jordbruksbefolkningen førte til at store områder ble lagt brakk, og bidro til ytterligere matmangel. Menneskerettighetsorganisasjoner, FN og flere stater har påpekt den alvorlige humanitære situasjonen. Bashirs kunngjøring av våpenhvile i Darfur i november 2008 ble sett i sammenheng med USAs folkemordsiktelse, og som ledd i Sudans diplomatiske fremstøt for å få den trukket tilbake. Forhandlinger om situasjonen i Darfur ble opprettholdt, men uten å føre frem. Situasjonen ble også påvirket av den regionale utviklingen, blant annet i Libya og Tsjad. 

I tillegg til krigene i Sør-Sudan og Darfur, har det vært konflikt og opprør flere steder i Sudan, fremfor alt i Nuba-fjellene, samt andre deler av Kordofan, og i nordøst. I 2004 spredde væpnet konflikt seg fra Darfur til Kordofan, der to opposisjonsgrupper ble dannet; al-Shahama og National Movement for Reform and Development.

I nordøst kom det til opprør som var grunnet i lignende forhold som i vest (Darfur): en opplevd neglisjering av landsdelen. Opprørere har krevd indre selvstyre for det nordøstlige Sudan, i delstatene Kassala og Red Sea, som er strategisk og økonomisk viktig idet den omfatter havnebyen Port Sudan, landets viktigste import- og (olje)eksporthavn. Flere av landets største landbruksprosjekter finnes også i området. Opprøret har vært ledet av de to grupperingene Beja Congress (BC) og Rashaida Free Lions (RFL) - med forankring i nomadiske folk som føler seg diskriminert av den arabiske eliten. Opprørerne har styrket sin stilling gjennom støtte fra JEM i Darfur, som fra sitt hovedkvarter i Eritrea også har støttet BC med soldater. Opprørerne i øst ble utelukket fra fredsprosessen for Sør-Sudan, men etter mekling fra Eritrea og med deltakelse fra Norge, ble det i juni 2006 inngått våpenhvile mellom regjeringen og Eastern Sudan Front (ESF), en allianse mellom BC og RFL. Tidligere var SPLA drivkraften i ESF, men måtte trekke seg ut i 2005 som følge av fredsavtalen for Sør-Sudan. Eritrea sendte observatører for å lede overvåkningen av fredsavtalen, som siden ble supplert av en egen avtale om fordeling av verdier og utvikling av regionen, Eastern Sudan Reconstruction and Development Plan. Fredsavtalen tilsa at alle militsgrupper skulle oppløses, og soldater tilbys å gå inn i regjeringshæren. 

En vesentlig bakgrunn for Sudans nord/sør-motsetninger og borgerkriger ligger i århundrers dominans fra det såkalte arabisk-islamske nord, med dets politiske undertrykking og økonomiske utbytting av det afrikanske sør, blant annet gjennom omfattende slavehandel. Et annet aspekt er splittelsen mellom nord og sør som den tyrkisk-egyptiske, deretter britiske kolonialismen bidro til, blant annet ved å styre landsdelene atskilt. Borgerkrigen i Darfur understreker den store betydning etnisitet og rase har i Sudans konfliktbilde. Samtidig tydeliggjøres rollen til det arabisk-islamsk-dominerte regimet i Khartoum, som har ført en politisk, økonomisk og militær politikk sterkt preget av en etnisk tilnærming, der det "arabiske" er opphevet til å være det "afrikanske" overlegent. Dette er en videreføring av en århundrelang tradisjon, der "afrikanerne" ble ansett for å være "araberne" underlegne, og ble brukt som slaver. Nubier og sudaner ble av det arabiske nord brukt som synonym for slave. Samtidig har det historisk vært konflikter lokalt, der flere stater brukte sin makt til å sikre seg slaver og på andre måter utnytte andre folk i respektive nedslagsfelt.

Etter hvert som sentrum i en stat, særlig i det sentrale Sudan, ble islamisert, bidro dette til at også den religiøse dimensjonen ble fremtredende. Et bidrag til religiøse motsetninger var også en favorisering av muslimer, også blant den lokale befolkningen i sør. Konflikten i Darfur er utslag av en holdning og politikk der "arabiske" grupper har satt seg fore å fordrive "afrikanere" fra området. Dette viser samtidig at den etniske dimensjonen veier tyngre enn den religiøse, all den tid ofrene for regjeringens og de regjeringsstøttede militsene i Darfur også er muslimer. Paradoksalt nok betyr den arabiske betegnelsen Bilal al-Sudan, som landet har tatt sitt navn fra, "De svartes land". I skjæringspunktet mellom det til dels arabiske Nord-Afrika og det "svarte" Afrika sør for Sahara, er det også knyttet en politisk dimensjon til Sudans regionale tilhørighet; der det "arabiske" nord ønsker tilknytning nordover, mens det "afrikanske" sør vil assosiere seg sørover. Mye av den nasjonale konflikten i Sudan har dermed med identitet å gjøre, knyttet til historiske politiske og sosiale maktrelasjoner, roller og oppfatninger, så vel som med religion og kultur.

Et tydelig skille mellom det nordlige og sørlige Sudan kom først etter at områdene var samlet under en statsdannelse, det vil si under egyptisk-britisk styre - og særlig fra midten av det 19. århundre. Motsetningene ble tidlig forsterket da Sør-Sudan ble pålagt skatter for å finansiere den sentrale administrasjonen i nord. Pålegget ble møtt med militær motstand. Kommersielle interesser hadde utstrakt makt, og gjennomførte selv militære aksjoner for å skaffe seg slaver. I Sør-Sudan var denne aktiviteten på sitt mest omfattende i 1870-årene, som følge av økt behov for arbeidskraft til bl.a. bomullsdyrking.

Sudan grenser til ni land i en del av Afrika med flere regionale konflikter, fremfor alt på Afrikas horn og i Sentral-Afrika. Konfliktene i Sør-Sudan og i Darfur har i noen grad regionale dimensjoner; samtidig har konflikter i naboland tangeringspunkter til Sudan. Fredsprosessen i Sør-Sudan ble gjennomført med regional mekling, og situasjonen der så vel som i Darfur er også knyttet til frykt for utviklingen i flere av nabolandene.

Krigen i Sør-Sudan ble lenge utkjempet med Etiopias støtte til SPLM, mens regjeringen i Khartoum støttet frigjøringsbevegelsen i Eritrea - som på 1970- og 1980-tallet lå i krig med Etiopias regjering. Etter Eritreas selvstendighet har landet støttet opprørsgrupper i det nordøstlige Sudan. Geriljagruppen Lord's Resistance Army (LRA) har fra 1993-94 brakt borgerkrigen i Nord-Uganda til det sørlige Sudan, dels ved å opprette baser, dels ved å angripe landsbyer der. Sudans regjering brukte LRA som en brikke i kampen mot SPLMA under krigen, mens Uganda uoffisielt støttet SPLA. Sudan og Uganda inngikk 1999 en avtale om ikke å gi støtte til de to gruppene. Etter fredsavtalen har Sudan og Uganda samarbeidet i kampen mot LRA, som også har operert fra baser i Kongo. Tropper fra Sør-Sudan deltok 2008 i angrep mot LRA-baser i Kongo, sammen med kongolesiske og ugandiske styrker. Fredssamtaler mellom LRA og Ugandas regjering ble i 2007 ført i Sør-Sudans hovedstad Juba.

Krigen i Darfur har bidratt til politisk destabilisering og væpnet konflikt i Tsjad, til dels også i Den sentralafrikanske republikk. Befolkningen i grensetraktene mellom Sudan og Tsjad består stort sett av de samme folkeslag, derunder mange zaghawa, som også Tsjads president Idriss Déby tilhører. De to nabostatene anklaget 2006 hverandre for å støtte opprørsgrupper i det annet land, og Tsjad brøt en periode de diplomatiske forbindelser med Sudan etter et forsøk på å styrte presidenten. Det ble flere ganger rapportert om at sudanske Janjaweed har operert sammen med tsjadisk milits. Konflikten i regionen er blitt kalt Sahel-krigen, og involverer også Den sentralafrikanske republikk, som har beskyldt Sudan for å støtte lokale opprørere der. I tillegg til at flyktninger fra Darfur har søkt tilflukt i Tsjad, har flyktninger fra Tsjad krysset grensen til Darfur, og fra Den sentralafrikanske republikk til Tsjad. En fredsbevarende styrke fra FN, United Nations Mission in the Central African Republic and Chad, ble i 2007 satt inn i Tsjad og Den sentralafrikanske republikk, langs grensen til Sudan.

Fredsprosessen, og Sør-Sudans løsrivelse, har også regionale følger, hvor nabostatene til dels har hatt ulike syn på utviklingen i Sudan, og dels har inntatt forskjellige posisjoner. Sudan har hatt en sterk alliert særlig i Egypt, mens Etiopia og Uganda har tatt klar stilling for frigjøringskreftene i sør, og har etter fredsavtalen etablert nære forbindelser med den nye staten. Kenya, som geografisk står Sør-Sudan nær, spilte under fredsprosessen en sentral og langt på vei nøytral rolle. 

Sudans strategiske beliggenhet, oljeforekomster og kontroll med nilvannet - samt at landet grenser til ni andre land - har medført at en rekke land har interesser i utviklingen der. Sudans utenrikspolitiske forbindelser har endret karakter med fremveksten av det islamistiske regimet på 1990-tallet og overgangen fra den kalde krigen til økt oppmerksomhet omkring internasjonal terrorisme. På 1970- og 1980-tallet var Sudan strategisk viktig i supermaktsrivaliseringen på Afrikas horn samt frigjøringskrigen i Eritrea, så vel som i forlengelsen av Midtøsten-konflikten. Regionalt var krigen i Sør-Sudan et utenrikspolitisk anliggende, og med tiltagende islamisering ble land som Etiopia, Uganda og Kenya støttespillere for vestlige land som søkte å begrense innflytelsen til det sudanske regimet. I 1990-årene gav Sudan støtte til islamistiske grupperinger i flere land, som ledd i strategien til Hassan al-Turabi om å spre jihad og bidra til destabilisering og regime-endringer. Sudan ble fra slutten av 1990-tallet knyttet til internasjonal terrorisme, blant annet for å ha gitt tilhold for Osama bin Laden og den internasjonalt ettersøkte terroristen Ilich Ramirez Sanchez («Sjakalen»), utlevert til Frankrike 1994.

Sudan har under det islamistiske regimet etablert gode forbindelser til Iran og Libya. Dette har samtidig medført en viss internasjonal isolasjon, fremmet særlig av USA. Etter attentatforsøket mot Egypts president Hosni Mubarak i 1995, som Sudan ble beskyldt for å være delaktig i, vedtok FNs sikkerhetsråd i 1996 å innføre sanksjoner mot Sudan; i 1997 innførte USA i tillegg egne sanksjoner. Etter bombeattentatene mot USAs ambassader i Dar es Salaam og Nairobi i 1998, bombet USA samme år en kjemisk fabrikk nær Khartoum, som landet hevdet produserte kjemiske våpen (hvilket senere ikke har kunnet påvises). Etter terroranslagene mot mål i USA i 2001, ga Sudan sin støtte til kampen mot terrorisme. Forholdet til USA forble likevel anstrengt, og ble ytterligere forverret av krigen i Darfur. Ved siden av å ha Sudan på sin liste over stater som støtter terrorisme, fordømte USA i 2004 de militære aksjonene i Darfur som folkemord, og forsterket i 2007 sine sanksjoner mot Sudan. USA har også kritisert Sudan for ikke i tilstrekkelig grad å slippe til FNs fredsstyrke i Darfur.

Mens USA har innført økonomiske sanksjoner mot Sudan, har Kina i betydelig grad styrket sine forbindelser, fremfor alt motivert av ønsket om tilgang på Sudans oljeressurser; Kina er blitt den største kjøper av landets olje, og har også investert i andre deler av sudansk økonomi. Det er derfor øvd internasjonalt press på Kina for å påvirke Sudans regjering, spesielt i forhold til Darfur. Kina har selv stilt med soldater til FN-styrken der.

Den regionale stat med største interesser i Sudan er Egypt -- de to land har historiske forbindelser fra oldtiden og fortsatt tette bånd fra den nære historie. Forholdet til Egypt ble svekket etter militærkuppet 1985, da den avsatte president Jaafar Nimeiri søkte tilflukt i Egypt. Forholdet ble ytterligere svekket som følge av attentatforsøket mot president Mubarak 1995. Sudan og Egypt har felles interesser i forvaltningen av vannet fra Nilen, samtidig som Egypt er avhengig av at Sudan er med på et slikt samarbeid. Egypt har i tiltagende grad engasjert seg i fredsprosessen i Sudan, blant annet for å bistå i gjennomføringen av fredsavtalen med Sør-Sudan. De to land har en territoriell uoverensstemmelse over Halaib-triangelet.

Sudans borgerkriger har vide regionale implikasjoner, fremfor alt fordi nabolandene har støttet sudanske opprørere, mens Sudan har gitt støtte til opprørsgrupper i andre land. Enkelte naboland har også vært involvert i forsøk på å finne politiske løsninger på Sudans konflikter; fremfor alt Kenya og den regionale samarbeidsorganisasjonen IGAD. Særlig Uganda og Etiopia har vært indirekte involvert i krigen i Sør-Sudan. Uganda støttet i flere år SPLA, mens Sudan har latt ugandiske militsgrupper - Lord's Resistance Army og West Nile Bank Front - operere fra sitt territorium. Regulære hærenheter skal ha deltatt i operasjoner inn i det annet land. Diplomatiske forbindelser ble gjenopprettet 2001, og Uganda fikk Sudans tillatelse til å forfølge LRA inn i Sudan. Senere beskyldte Uganda Sudan for å gjenoppta støtte til gruppen, som har forårsaket en humanitær krise i Nord-Uganda. Mot slutten av 1990-årene lignet forholdet til Eritrea på forholdet til Uganda. Etter å ha hatt fritt leide over den sudanske grense under frigjøringskrigen, kom det til en spent situasjon mellom det selvstendige Eritrea og Sudan. Fra 1994 støttet Eritrea sudansk opposisjon, som følge av at Sudan stilte seg bak en militant eritreisk islamistisk gruppering, Eritrean Islamic Jihad (EIJ). Diplomatiske forbindelsene ble gjenopprettet i 2000. Som følge av det anstrengte forholdet til Eritrea tok Sudan i 1998 Etiopias side i krigen mellom Eritrea og Etiopia. Krigen førte til at om lag 570 000 eritreiske flyktninger tok seg over grensen til Sudan. Forholdet mellom Etiopia og Sudan - så vel som mellom Egypt og Sudan - kjølnet i 1995, da Sudan ble beskyldt for å være delaktig i et attentatforsøk mot Egypts president Hosni Mubarak i Addis Abeba. Forholdet forbedret seg som følge av Sudans støtte til Etiopia i krigen mot Eritrea. Under militærregimet ga Etiopia støtte til SPLA, hvilket førte til et anstrengt forhold til regjeringen i Khartoum. Fulle diplomatiske forbindelser ble gjenopprettet i 1999, og samarbeid innledet på flere områder, blant annet med oljeleveranser fra Sudan til Etiopia fra 2003.

Forholdet til Kenya har vært avmålt, både fordi Kenya støttet SPLA og fordi storstilt internasjonal nødhjelp til Sør-Sudan, som av Khartoum-regimet ble oppfattet som støtte til opprørerne, ble iverksatt fra Kenya. Tsjad er direkte berørt av krigen i Darfur, både gjennom politiske interesser, og ved at et stort antall sudanske flyktninger krysset grensen, samt at sudanske fly bombet mål også på tsjadisk side av grensen i 2004. Det tsjadiske regimet kom til makten etter geriljakrig ført fra baser i Darfur, og fra Tsjad tilføres begge parter i konflikten våpen. Tsjad har meklet mellom partene, men er også beskyldt for å støtte det sudanske regimet militært.

Eritreas meklerrolle i konflikten i det nordøstlige Sudan 2006 ble muliggjort av bedrede forhold mellom Eritrea og Sudan. Forholdet til Uganda i sør har også vært variabelt, men ble bedret 2006, da regjeringen i Sør-Sudan påtok seg å mekle mellom den ugandiske regjering og opprørsbevegelsen LRA. Under militærregimet gav Etiopia støtte til SPLA, hvilket førte til et anstrengt forhold til regjeringen i Khartoum. Forholdet til Kenya har vært avmålt, både fordi Kenya støttet SPLA og fordi storstilt internasjonal nødhjelp til Sør-Sudan ble iverksatt fra Kenya. Tsjad er direkte berørt av krigen i Darfur, både gjennom politiske interesser og ved at et stort antall sudanske flyktninger krysset grensen, samt at sudanske fly har bombet mål også på tsjadisk side av grensen. Det tsjadiske regimet kom til makten etter geriljakrig ført fra baser i Darfur, og fra Tsjad tilføres begge parter i konflikten våpen. Tsjad har beskyldt Sudan for å stå bak opprørere som i 2006 forsøkte å styrte landets president, mens regjeringen i Sudan anklager Tsjad for innblanding i Darfur. Diplomatiske forbindelser mellom de to land har flere ganger vært brutt, blant annet som følge av sudanske militære angrep mot mål i Tsjad, og Tsjad har svart med å erklære Sudan krig. Libya har meklet i konflikten, og det ble i 2008 oppnådd en avtale om at Sudan og Tsjad skulle avstå fra å støtte opprørsgrupper i det annet land. Regjeringen i Den sentralafrikanske republikk har også beskyldt Sudan for å støtte opprørsgrupper der. 

Norge har siden 1970-tallet spilt en aktiv rolle i Sør-Sudan, særlig gjennom frivillige organisasjoner som Kirkens Nødhjelp, Norsk Folkehjelp og Norges Røde Kors. Fra 1990-årene spilte Norge en sentral rolle i fredsprosessen og utgjorde sammen med Storbritannia og USA den såkalte troikaen som koordinerte støtten til forhandlingene. Norges delegasjon til Sør-Sudans selvstendighetsmarkering i juli 2011 ble ledet av HKH Kronprins Haakon og utviklingsminister Erik Solheim. Norsk Folkehjelp var invitert med egen delegasjon, og organisasjonens innsats ble særlig fremhevet av landets ledelse. Norge anerkjente formelt Sør-Sudan i forbindelse med selvstendigheten.

Norge var i 2004 vert for et internasjonalt giverlandsmøte for å forberede gjenreisningsarbeidet i Sør-Sudan og koordinering av humanitær bistand til Darfur; et nytt slikt møte ble avholdt 2008, for å støtte opp om fredsavtalen fra 2005. Det internasjonale samfunn opprettet da Flergiverfondet for å koordinere innsatsen. Som følge av fredsprosessen er Sudan blitt en av de aller største mottakere av norsk utviklingssamarbeid, vesentlig til Sør-Sudan. I perioden 2007-10 var Sudan den tredje største mottaker av norsk bistand; overføringene var i 2010 på 705 millioner kroner. Samarbeidet videreføres til Sør-Sudan etter selvstendigheten, med særlig vekt på statsbygging og forvaltning av landets oljeressurser gjennom Norads Olje for utvikling-program. Samtidig bidrar Norge gjennom internasjonale kanaler med nødhjelp, særlig til Darfur. Flyktninghjelpen ble i 2006 utvist fra Darfur; organisasjonen hadde da ansvar for å samordne hjelpearbeidet i de største leirene i regionen. Både FN og norske myndigheter protesterte mot utvisningen.

Norge engasjerte seg i å finne en løsning på konflikten i Abyei-regionen, og har bidratt til det internasjonale presset for å få en slutt på konflikten i Darfur. Norge tilbød seg å stille en avdeling til FN-styrken i Darfur, men dette ble avvist av Sudans regjering. Norge har derimot deltatt i flere fredsoperasjoner i Sudan og Sør-Sudan, med både militært personell og politi; Norge har i alt bidratt med personell til sju militære operasjoner i Sudan fra 2004. Tidligere statsråd Hilde Frafjord Johnson ble i 2011 leder for FNs samlede operasjon i Sør-Sudan, United Nations Mission in the Republic of South Sudan (UNMISS). Etter Sør-Sudans selvstendighet fremmet Kristelig Folkeparti krav om at Norge måtte stille med militære styrker i FN-operasjonen, etter at FN hadde henvendt seg til Norge med forespørsel om en infanteribataljon. Ut over et mindre antall offiserer, som allerede inngikk i UNMISS, ble kravet avslått av regjeringen under henvisning til andre engasjement.

Den norske diplomaten Tom Vraalsen ble 1998 utpekt til FNs generalsekretærs spesialutsending for humanitære anliggender i Sudan, og var 2005-08 leder for en internasjonal fredskommisjon (Assessment and Evaluation Commission, AEC), med oppgave å overvåke fredsavtalen for Sør-Sudan samt følge utviklingen i Darfur. Norge har vært aktiv i forhold til flere sider ved utviklingen av fredsprosessene i Sudan, dels bilateralt, dels gjennom felles uttalelser og engasjement gjennom troikaen. Norge arbeidet i 2006-07, sammen med Eritrea, for å finne en løsning på konflikten i Øst-Sudan.

Universitetet i Bergen har siden 1960-årene hatt et omfattende akademisk samarbeid med Universitetet i Khartoum.

Etter en omdiskutert valgprosess som varte fra 13. til 16. april 2015 ble det annonsert den 27. april 2015 at Sudans sittende regjering fra partiet Nasjonal Kongress ble gjenvalgt med 94,5% av stemmene. Presidenten Omar Hasan Ahmad al-Bashir utvidet sin makt som han holder siden 1989.

Foreslå endringer i tekst

Foreslå bilder til artikkelen

Kommentarer

Har du spørsmål om artikkelen? Skriv her, så får du svar fra fagansvarlig eller redaktør.

Du må være logget inn for å kommentere.