Omkring 70 % av befolkningen er sunni-muslimer. I tillegg har landet fire minoriteter av muslimsk opprinnelse: alawittene (se nusairier, ca. 12 %) har en privilegert posisjon ved at landets president tilhører denne gruppen; druserne (ca. 3 %) lever fortrinnsvis i provinsen Suwayda i sørøst; ismaelittene (ca. 0,5 %) er konsentrert i nærheten av byene Hama og Homs; en sjia-muslimsk minoritet (Tolvskolen, ca. 0,7 %) bor i Aleppo og i Damaskus, hvor det finnes to sjia-muslimske helligdommer som trekker pilegrimer fra hele verden. Syria er det eneste araberland med muslimsk majoritet der islam ikke er statsreligion.
De kristne utgjorde frem til 1990 ca. 12 % av befolkningen. I dag er tallene usikre og utvandring og lave fødselstall har ført til stadig synkende antall. Den ortodokse kirke dominerer tallmessig og har sitt patriarkat i Damaskus. Den armenske kirken kommer på annenplass, fulgt av den gresk-katolske (melkittiske) og den syrisk-ortodokse kirke, de to siste med hvert sitt patriarkat i Damaskus. Den jødiske minoriteten omfatter i dag neppe mer enn ca. 1000 individer.