Ifølge tradisjonen går San Marinos historie tilbake til begynnelsen av 300-tallet e.Kr., da den hellige Marinus (it. Marino) sammen med en gruppe kristne slo seg ned i fjellene her for å unnslippe forfølgelse. Castellum Sancti Marini er omtalt 754 og 885 – det ble bygd et kloster til minne om Marinus, og en landsby grodde opp. På 1100-tallet var San Marino en kommune som på grunn av sin isolerte beliggenhet og sine fjellfestninger kunne avvise flere erobringsforsøk. Under rivaliseringen mellom Malatesta-familien i Rimini og Montefeltro-familien i Urbino stod San Marino under sistnevntes beskyttelse. Staten fikk en forfatning 1599 (senere endret flere ganger), og 1631 anerkjente pave Urban 8 San Marinos selvstendighet og skjenket staten tollfrihet. 1815 bekreftet Wienkongressen statens uavhengighet, og 1862 inngikk San Marino og Italia en avtale om evig vennskap og godt naboskap, og San Marino stilte seg under Italias beskyttelse. Avtalen ble bekreftet i 1939 og revidert i 1971.