DNA-strekkoding

DNA-strekkoding er en metode for identifisering av arter ved hjelp av arvestoff (DNA). Korte DNA-sekvenser fra en ukjent art blir sekvensert (lest) og sammenlignet med en DNA-database for kjente arter.

Faktaboks

også kjent som:

DNA-barkoding

DNA-strekkoding får navnet sitt fra metoden som brukes i butikker, der en svart og hvit strekkode brukes til å finne riktig matvare. Strekkoden fungerer omtrent som et fingeravtrykk, der man kan finne et unikt og gjenkjennelig mønster som hører til hvert individ.

Alle individer har også en unik DNA-kode som kan brukes til individuell identifisering. Men store deler av koden er identisk for hele grupper, for eksempel for en art, slekt eller familie. Ved å bruke en del av koden som er lik for alle individer innad i en organismegruppe, men som skiller seg fra andre grupper, kan man enkelt identifisere hvilken gruppe det er.

Metode

Avhengig av hva som skal undersøkes, samles det inn prøver på forskjellige måter:

  • Vevsprøver av organismen man vil identifisere
  • Bulkprøver med mange organismer, for eksempel fra et fiskenett eller en insektfelle
  • Miljøprøver, for eksempel jordprøver eller tarminnhold

Bulkprøver og miljøprøver identifiserer flere arter i samme prøve og kalles DNA meta-strekkoding. Dette ligger nært opptil metagenomikk, hvor man leser av alt DNA som finnes i en miljøprøve.

Prøvene behandles på et laboratorium. Først isoleres DNA fra prøvene slik at det skilles fra resten av det biologiske materialet. Deretter velger man et DNA-fragment som kan brukes til å skille organismegrupper fra hverandre. Ved hjelp av PCR blir det valgte fragmentet kopiert opp (amplifisert). Til slutt sekvenseres fragmentet slik at DNA-koden kan leses digitalt.

Koden består av fire forskjellige baser (A, C, G og T) i forskjellig rekkefølge. Det er vanlig å velge et fragment på 400–800 basepar. Det kreves derfor en bioinformatisk analyse av DNA-sekvensen. Koden sammenlignes med en referansedatabase. Om koden ikke passer med noen av artene i databasen, kan man likevel se hvilke arter den slekter til.

Bruksområder

Metoden kan brukes til en rekke ting knyttet til identifisering av arter:

Les mer i Store norske leksikon

Eksterne lenker

Kommentarer

Kommentaren din publiseres her. Fagansvarlig eller redaktør svarer når de kan.

Du må være logget inn for å kommentere.

eller registrer deg