DNA-strekkoding

Artikkelstart

DNA-strekkoding er en metode for identifisering av arter ved hjelp av arvestoff (DNA). Korte DNA-sekvenser fra en ukjent art blir sekvensert (lest) og sammenlignet med en DNA-database for kjente arter. Innen naturforvaltning, så omtales anvendelsen av dette gjerne for miljø-DNA, med henvisning til rester av DNA som påvises i omgivelsene utenfor organismene de stammer ifra (eksempelvis fra filtrerte vannprøver).

Faktaboks

Også kjent som

DNA-barkoding, miljø-DNA (mDNA), på engelsk environmental- DNA (eDNA)

DNA-strekkoding får navnet sitt fra metoden som brukes i butikker, der en svart og hvit strekkode brukes til å identifisere en matvare. Strekkoden fungerer omtrent som et fingeravtrykk, der man kan finne et unikt og gjenkjennelig mønster som hører til hvert individ.

Alle individer har også en unik DNA-kode som kan brukes til individuell identifisering. Men store deler av koden er identisk for hele grupper, for eksempel for en art, slekt eller familie. Ved å bruke en del av koden som er lik for alle individer innad i en organismegruppe, men som skiller seg fra andre grupper, kan man enkelt identifisere hvilken gruppe prøven er hentet fra.

Metode

Avhengig av hva som skal undersøkes, samles det inn prøver på forskjellige måter:

  • Vevsprøver av organismen man vil identifisere
  • Bulkprøver med mange organismer, for eksempel fra et fiskenett eller en insektfelle
  • Miljøprøver, for eksempel filtrerte vannprøver, jordprøver eller tarminnhold

Bulkprøver og miljøprøver identifiserer flere arter i samme prøve og kalles DNA meta-strekkoding. Dette ligger nært opptil metagenomikk, hvor man leser av alt DNA som finnes i en miljøprøve.

Prøvene behandles på et laboratorium. Først isoleres DNA fra prøvene slik at det skilles fra resten av det biologiske materialet. Deretter velger man et DNA-fragment som kan brukes til å skille organismegrupper fra hverandre. Ved hjelp av PCR blir det valgte fragmentet kopiert opp mange ganger(amplifisert). Til slutt sekvenseres fragmentet slik at DNA-koden kan leses digitalt.

Koden består av fire forskjellige baser (A, C, G og T) i forskjellig rekkefølge. Det er vanlig å velge et fragment på 400–800 basepar. Det kreves derfor en bioinformatisk analyse av DNA-sekvensen. Koden sammenlignes med en referansedatabase. Om koden ikke passer med noen av artene i databasen, kan man likevel se hvilke arter den slekter til.

Bruksområder

Metoden kan brukes til en rekke ting knyttet til identifisering av arter:

Les mer i Store norske leksikon

Eksterne lenker

Litteratur

  • Miljødirektoratet 2020. Overvåking og kartlegging av fremmed ferskvannsfisk ved bruk av miljø-DNA. Rapport nr M-1628.
  • Halvorsen, S. med flere (2020). Environmental DNA analysis indicates that migration barriers are decreasing the occurrence of European eel (Anguilla anguilla) in distance from the sea. Global Ecology and Conservation. Volume 24

Kommentarer

Kommentaren din publiseres her. Fagansvarlig eller redaktør svarer når de kan.

Du må være logget inn for å kommentere.

eller registrer deg