Vegetasjonen kan deles inn i øst-vestgående soner, avhengig av nedbørmengden. I nord er det ren ørken (ca. 25 % av landarealet). Deretter kommer en sone med steppevegetasjon og savanne (gressavanne og tresavanne) sør for Khartoum, og ved sørgrensen er det tropisk regnskog og fjellskog. Store sumpområder (Sudd) med papyrus preger Øvre Nil- og Bahr al-Ghazal-provinsene.