Pyrofosfat, organisk forbindelse som består av to fosfatmolekyler bundet sammen ved fraspalting av ett molekyl vann. Dannes ved flere viktige biokjemiske prosesser. Eksempelvis kan nevnes aktiveringen av aminosyrer, som består i at en aminosyre reagerer med adenosintrifosfat (ATP) i en enzymatisk katalysert reaksjon, slik at det dannes et anhydrid av aminosyren og adenosinmonofosfat (AMP), og slik at det samtidig frigjøres pyrofosfat. Ved aktiveringen av fettsyrer foregår en analog prosess. Enzymet pyrofosfatase spalter ofte det dannede pyrofosfatet, og bidrar dermed til at reaksjonen forløper mer fullstendig.