Samos har vært befolket siden 3. årtusen f.Kr., på 1000-tallet f.Kr. av jonere. Under tyrannen Polykrates (ca. 540–ca. 520 f.Kr.) ble øya en sjømakt og et kultursentrum: Anakreon, Aisopos og Pyhagoras levde her. Ble erobret av Athen 440 og hadde siden en vekslende historie. Tilhørte på 1300-tallet Genova og kom 1550 under tyrkerne. I 1821 tok Samos del i frihetskrigen. 1832–1912 et eget fyrstedømme under tyrkisk overhøyhet. Etter første Balkankrig 1912–13 ble øya en del av Hellas.