I Sør-Sudan dominerer lokale og tradisjonelle religioner. Selv om kristendommen ble innført allerede i middelalderen til Nubia i det nordlige Sudan, har den begrenset oppslutning i Sør-Sudan, hvor befolkningen har konventert som følge av misjonering siden slutten av 1800-tallet. Ca. 10 % av befolkningen regner seg som katolikker, mens ca. 5 % er protestanter. Islam har liten utbredelse.