Autøkologi er studiet av individer av enkeltarter og deres forhold til omgivelsene, som oftest forholdet til abiotiske faktorer. Autøkologien ser ofte på individenes toleransegrenser og preferanser for miljøfaktorer som temperatur, fuktighet og lignende. Denne grenen av økologien har nær tilknytning til deler av fysiologien (økofysiologi), og gir bedre muligheter til å forstå organismenes utbredelse, aktivitet og lignende (se dyregeografi og plantegeografi).