metagenomikk

Historisk sett har man studert arvematerialet til mikroorganismer ved å dyrke opp de ulike artene i laboratoriet, for eksempel i en petriskål. Hvis man skal gjøre det med alle mikroorganismer i en miljøprøve, er det både veldig arbeidskrevende og tar veldig lang tid. Mange mikroorganismer lar seg heller ikke dyrke i laboratoriet.

Med metagenomikk kan man studere alle mikroorganismene ved å analysere DNA-et direkte. Da finner man mye raskere ut hvilke organismer som finnes i det bestemte miljøet prøven er tatt fra, og man får et inntrykk av det samfunnet av mikroorganismer som eksisterer der sammen, i motsetning til studiet av enkeltorganismer. Metagenomikk vil derfor si å studere mikroorganismene i sitt naturlige miljø fordi man ikke dyrker de opp i laboratoriet.

Med metagenomikk er det også mulig å studere organismene som ikke lar seg dyrke. Det finnes tusenvis av bakterier som vi ikke kjenner til, men med metagenomikk får vi nå kjennskap til flere og flere arter av bakterier.

Når man har hentet en prøve fra et bestemt miljø isolerer man alt arvematerialet fra den prøven. Først åpner man alle cellene fra de ulike organismene i prøven slik at DNA-et blir frigjort, og deretter skiller man DNA-et fra proteiner og annet materiale. Så blir DNA-et analysert ved hjelp av DNA sekvensering.

Ved å sammenligne dette DNA-et med gener og genomer som er lagret i store databaser, finner man ut hvilke organismer som finnes i prøvene. Videre kan man studere hvilke funksjoner genene som finnes i det bestemte miljøet man ser på har, for eksempel om de har evne til å bryte ned miljøgifter til ikke-giftige produkter.

• metagenom
• mikrobiom
• DNA-strekkoding