Vanntunnel, tunnel fylt med strømmende vann, minner om vindtunnel både når det gjelder konstruksjon og typer av anvendelser. Vanntunneler brukes til å undersøke egenskaper til legemer som skal bevege seg i vann, f.eks. motstandskraft ved ulike hastigheter, spenninger og tretthetsfenomener. Slike tunneler brukes også til å studere strømninger i vann med forskjellige hindringer, og akustiske egenskaper til vann i bevegelse.