Det meste av fastlandet (Mbini) er dekket av tett tropisk regnskog. Det finnes mer enn 140 forskjellige trearter; de kommersielt viktigste er okoumé, mansonia og forskjellige mahogniarter. På Bioko veksler vegetasjonen med høyden over havet, og omfatter både tropisk regnskog, skogsavanne og fjellskog.