iransk religiøs og politisk leder, med ærestittelen ayatollah (Guds tegn). Han ble hovedsakelig utdannet i den hellige byen Qum (Qom), Irans viktigste sjiittiske læresete, og ble kjent som en fremtredende islamsk filosofisk og juridisk autoritet. I begynnelsen av 1960-årene stilte han seg i skarp opposisjon til sjahens ærgjerrige reformprogram, og ble forvist i 1964. Han tok opphold i Irak, som da stod i bittert motsetningsforhold til sjahens regime, men ble utvist etter anmodning fra sjahen i oktober 1978. Deretter fikk han oppholdstillatelse i Frankrike, og ledet fra sin bolig utenfor Paris begivenhetene som førte til at sjahen ble styrtet. Vendte tilbake til Iran først i februar 1979, og var hovedmannen bak opprettelsen av den islamske republikk. Fra 1979 til sin død var han faqih, den Øverste religiøse leder og Irans reelle makthaver i henhold til forfatningen av 1980.
Khomeini forsøkte å unngå splid mellom de religiøse lederne, men maktkampen førte til store utrenskninger. Hans kompromissløse og hensynsløse islamisering førte til omfattende brudd på menneskerettighetene i Iran. I 1989 kunngjorde han fatwaen mot forfatteren Salman Rushdie. Samtidig var Khomeini populær i store deler av folket, og han ble etter sin død hedret som imam. Hans posisjon har også vært sterk etter hans død, og ingen av de senere lederne har hatt autoritet til å utfordre imamens beslutninger.