Flaggdiskriminering, det å gjøre forskjell med hensyn til flagg, foreligger når den sjøverts transport fra eller til et land ved inngrep fra myndighetenes side helt eller delvis forbeholdes landets egne skip eller disse gis lettelser på annen måte i forhold til andre lands skip. Flaggdiskriminering foreligger også om fremmede lands skip innbyrdes behandles på forskjellig måte.