Arnor Njøs har hatt jordfysikk og jordarbeiding som sitt viktigste fagområde, men har også arbeidet med jordkartlegging og jorderosjon. I tillegg har han vært bredt engasjert i forskningspolitikk, miljø- og ressurspolitikk og utviklingshjelp.
Njøs vokste opp i bygde-Norge. Etter examen artium ved Trondheim katedralskole 1949, landbruksskole og Luftvernartilleriets befalskurs studerte han ved Norges landbrukshøgskole (NLH) og ble cand.agric. 1955. Samme år ble han ansatt som forskningsassistent ved høyskolens Institutt for jordkultur, som kom til å bli hans arbeidsplass i 35 år. Han utdannet seg videre gjennom kurs i bl.a. måleteknikk, termodynamikk og matematikk, og han hadde flere lengre studieopphold i Sverige og Tyskland. 1960–61 tok han en M.Sc.-grad ved University of Illinois i USA. Amerikaoppholdet bidrog til økt interesse for jordkartlegging og dyrkingspotensial, emner som Njøs kom til å arbeide med i flere sammenhenger.
Njøs var forskningsstipendiat, amanuensis og førsteamanuensis ved NLH 1960–79. Han ble utnevnt til professor 1979, var instituttleder 1978–83 og høyskolens rektor 1984–89. Han sluttet ved NLH 1989, da han overtok som den første administrerende direktør i Jordforsk (1990–95). Deretter var han leder for regjeringens flomtiltaksutvalg 1995–96 og leder for HYDRA, NVEs forskningsprogram om flom, 1996–2000.
Jordfysikk og jordarbeiding var et relativt nytt fagområde i Norge da Njøs ble ansatt ved NLH. Jordarbeiding var hovedarbeidsområdet; det omfattet emner som pløying, slodding, harving, tromling, fresing, høst- og vårarbeiding. Det ble lagt vekt på å gjennomføre en del fastliggende, langvarige forsøk, hvor en målte effekten av ulike behandlinger på lengre sikt. De viktigste undersøkelsene gikk på å finne ut hva som var nødvendig, dvs. minst mulig, jordarbeiding, og samspillet mellom jordarbeiding og gjødsling, redskapstype og arbeidingstid (høst/vår) m.m.
Forsøk med jordpakking kom i gang i slutten av 1950-årene og ble etter hvert en hoveddel av feltforsøkene (korn, poteter). Jordpakkingen er sterkt avhengig av jordfuktigheten. Pakking ved høy jordfuktighet gav stor negativ effekt i form av nedsatt avling, mens tromling etter såing under tørre forhold gav avlingsøkning.
1973–75 hadde Njøs et oppdrag for NORAD i Zambia med jordkartlegging og vurdering av dyrkingspotensial for dyrkingsjord. Han hadde senere mange oppdrag innen ulandsarbeid. En del av erfaringene fra tiden i Zambia kom til nytte da han utarbeidet et forslag til dyrkingsklassifikasjon for jord i Norge. Han bidrog også til videreutvikling av dette fagfeltet som leder av rådet for Jordregisterinstituttet 1977–85. Han var 1977 med på å starte Norsk forening for jordforskning og var leder der til 1981.
Jorderosjon var et emne Njøs fattet interesse for under studieoppholdet i USA. Med økende andel av ensidig korndyrking og bakkeplanering vokste behovet for forskning. På slutten av 1970-årene var Njøs med på å starte opp langvarige erosjonsforsøk med jordarbeiding og jordforbedring.
I tiden som rektor ved NLH og direktør ved Jordforsk ble det mer eller mindre slutt på hans egen forskningsvirksomhet, men Njøs har også gjort en viktig innsats som forskningsformidler, bl.a. gjennom en lang rekke foredrag om jordfaglige emner ved kurser for landbruksfunksjonærer, i bondelagsmøter og forsøksringer. Han er en etterspurt foredragsholder, og i senere år har emnene blitt mer allmenne og av større interesse for et bredere publikum. Listen over hans faglige publikasjoner omfatter mer enn 200 titler, hvorav ca. halvparten innen jordfysikk og jordarbeiding.
En sak som opptok Njøs som rektor, var byggingen av en idrettshall ved NLH. Som ung hadde han selv vært aktiv idrettsmann, og han så betydningen av idretten som miljøskapende faktor. Med stor personlig innsats fra Njøs' side greide NLH å skaffe til veie nødvendige midler for å få reist idrettsbygget.
Njøs var leder av jordseksjonen i Nordiske jordbrugsforskeres forening (NJF) 1983–87 og medlem av Norges landbruksvitenskapelige forskningsråd (NLVF) 1985–89. Fra siste halvpart av 1970-årene arbeidet han med energispørsmål i landbruket og var 1977–83 med i en forskningsgruppe oppnevnt av NLVF som utredet energibruken i matvareproduksjonen. Senere arbeidet han med spørsmål knyttet til produktiviteten i landbruket, matvarekvalitet og matvaresikkerhet, samt bærekraftig landbruk. Han var også engasjert i sur nedbør-problematikken og var styremedlem i Norsk institutt for luftforskning 1980–84. Han var leder av NVEs råd 1986–94 og nestleder i Universitetsrådet 1987–89. 1989–95 var han styremedlem i International Institute of Tropical Agriculture i Ibadan, Nigeria, og 1992–2001 var han styremedlem for to av NATOs forskningsprogrammer.
Njøs var den første direktør for Jordforsk, som er en sammenslåing av Det norske myrselskap og Institutt for georessurs- og forurensningsforskning. Han la ned et stort arbeid når det gjaldt utviklingen av jordfaglig miljøforskning i Norge i de seks årene (1990–95) han var i stillingen og bidrog til utvikling av denne forskningen i Estland og Latvia.
Arnor Njøs var medlem av Ås kommunestyre 1967–73. Han ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1997 og til æresdoktor ved Sveriges lantbruksuniversitet 1998.