Peter Andreas Clausen var realfagslærer og skrev noen mindre arbeider om matematiske emner, men huskes først og fremst som språkforsker. Han gjorde seg bemerket dels som skarpsindig debattant i 1850-årenes språkstrid, der P. A. Munch og Knud Knudsen var hovedmotstandere, dels som dialektforsker og leksikograf. Clausen bidrog med ordmateriale til Ivar Aasen, Knud Knudsen og Hans Ross, og han blir kreditert for å ha vært den første i Norge som brukte termen “tonelag” om de to ordtonene i norsk (i Christianiaposten 21.7.1854). Han var også den første i Norge som utgav en systematisk ordsamling over terminologi knyttet til sjøfart.
Clausen ble student 1847. Han begynte på et filologisk studium, men gikk senere over til realfag og fullførte reallærereksamen 1861. Etter tre år ved Christiania Borger- og Realskole underviste han ved Kristiansand katedralskole fra 1863 til 1875, da han fikk avskjed på grunn av mental sykdom.
I 1850-årenes språkdebatt hevdet Clausen det moderne talespråkets rett i forhold til etymologiserende prinsipper for ortografien, slik P. A. Munch særlig var eksponent for. Clausen offentliggjorde under pseudonym en Katekismus i Ortografi og Ortoepi, en kommentar til Prof. Munchs Sprogbemærkninger over flere nummer i Christiania-Posten. I dette arbeidet viser Clausen stor selvstendighet i forhold til den store autoriteten P. A. Munch, og han kritiserer Munch særlig for hans historiserende språksyn når det gjaldt hvordan moderne norsk burde skrives. Året etter anmeldte han Jakob Løkkes arbeid Modersmaalets Formlære. Også her fremhevet Clausen det viktige i å bygge på talemålet i samtiden heller enn å legge for sterk vekt på historiske hensyn. Han deltok i denne tiden også med innlegg i Krydseren og Aftenbladet, og var medutgiver av For By og Bygd, Tidsskrift for ældre og nyere Skjønliteratur (1863). Dette tidsskriftet brakte en oversettelse Clausen hadde gjort av Walter Scotts Ivanhoe.
Clausen og Knud Knudsen hadde samme syn på språkspørsmålet i Norge, og de hadde kontakt med hverandre i flere år. I begynnelsen av 1870-årene bidrog Clausen til arbeidet med den store puristiske ordboken Norsk og unorsk, som Knudsen gav ut 1881. Samarbeidet måtte imidlertid avbrytes da Clausen ble syk.
Clausen er også omtalt flere ganger i Ivar Aasens dagbøker, og Aasen nevner i forordet til Norsk Ordbog (1873) en samling med ord fra Buskerud som Clausen hadde laget. I forordet til Hans Ross' Norsk Ordbog (1895) omtales en ordsamling av Clausen fra Vestfold, og Steinar Schjøtt skriver i forordet til sin Dansk-norsk ordbog (1908) at han har gjort bruk av margnotater i Clausens eksemplar av Aasens ordbok.
Etter at Clausen flyttet til Kristiansand, ble han interessert i ord som var spesielt knyttet til skipsfart og sjøliv. Resultatene av undersøkelsene sine gav han ut som bok, Norsk-Engelsk Sø-Ordbog. Dette er det første norske arbeidet om sjøspråket overhodet. Boken inneholder mange interessante observasjoner.