Otto Sperling var virksom som lege i Bergen og Christiania i noen år, og han var dertil den første profesjonelt utdannede botaniker i Norge. Han hadde et dramatisk liv, men ble blandet inn i det politiske spillet omkring Corfitz Ulfeldt og fikk derfor ikke så stor betydning for faget som man kunne forvente. Det finnes bare et par plantelister og noen herbarieeksemplarer – de eldste kjente norske – bevart etter ham, foruten en selvbiografi.
Som gutt utmerket Sperling seg med sin musikalitet, men han var også opptatt av planter og fikk hjelp av en apoteker med bestemmelser og herbarium. Det ble bestemt at han skulle utdanne seg til apoteker, og han studerte ved flere nordtyske universiteter (bl.a. Greifswald), før han 1619 ble innskrevet ved universitetet i Leiden i Nederland, der han bl.a. hadde stor glede og nytte av den botaniske hagen som Clusius hadde anlagt.
Etter avlagt eksamen kom Sperling til København på jakt etter en stilling. Han ble innkvartert hos en venn av sin far, Thomas Fincke, og dennes tre botanikkinteresserte svigersønner Caspar Bartholin, Jørgen Fuiren og Ole Worm ble viktige bekjentskaper, som sørget for at Sperling fikk bli med kong Christian 4 på hans reise til Bergen 1622. Dit ankom de “under Affyring af al Skytset paa hele Flaaden og paa Slottet, og under Paukers, Trommers og Trompeters Lyd”. Sperling botaniserte ivrig i Bergens omegn og klatret høyt til fjells. Han fant “mange rare urter” og ble “oppdaget” av den planteinteresserte kansleren Jens Bjelke, som tok ham med på en tur sørover til Stavanger og videre over Jæren til Lista. På veien botaniserte Sperling ivrig og fant blant annet algen Corallina. Fra Lista seilte de til Bjelkes eiendom Elingård i Onsøy, der Sperling ble til september.
Etter hjemkomsten til København ble Sperling engasjert av Fuiren til å være med som botaniker på en reise til Skåne (som da var dansk) og nærliggende områder. Hans far ønsket imidlertid at han skulle studere videre og sendte ham 1624 til Padova. Der studerte han medisin og botanikk hos Johan Praevotius og tok den medisinske doktorgrad. Han overvar også innsettelsen av pave Urban 7 i Roma og besøkte Vatikanets hage. Han ble deretter ansatt som inspektør i hagen hos den venetianske adelsmann Contarini, men den aldrende faren ville ha ham hjem. Returreisen til Italia 1628 gikk med båt for å unngå krigen på kontinentet, men motvind drev skipet opp mot norskekysten, og de ble tvunget til å søke nødhavn. Sperling oppsøkte nå Bjelke, som sammen med stattholder Jens Juel overtalte ham til å avbryte reisen og ta opphold i Norge. Bjelke ville helst at han skulle bosette seg som medicus i Trondheim, men Juel anbefalte Bergen, som Sperling også hadde gode minner fra.
Da Sperling kom til Bergen, fikk han vite at kongen i mellomtiden hadde utnevnt en annen medicus der. Sperling ble bedt om å praktisere inntil den nye legen kunne tiltre sitt embete, og han fikk snart rykte på seg som en dyktig lege. Dessuten gjorde han – på biskopens anbefaling – sin forgjengers enkes bekjentskap, fridde til henne og fikk ja. De bosatte seg i Bergen, der Sperling straks gikk i gang med botanisk virksomhet. Han skaffet eksotiske frø fra Contarinis hage, og han lyktes med å få den tropiske praktvindelen (Ipomoea quamoclit) til å blomstre. Dessverre kom han ikke til å få så stor betydning for botanikkens utvikling i Norge fordi han ble trukket inn i høyere politiske kretser, særlig etter at han flyttet til Christiania som stadsfysikus 1632 og videre til København 1634.
Under oppholdet i Christiania ble Sperling kjent med Corfitz Ulfeldt, og ved Ulfeldts medvirkning ble han lege ved Børnehuset i København 1637 og dessuten inspektør for Kongens hage; året etter fikk han tittel som kongelig botanicus. Han utviklet Kongens hage ved Rosenborg slott gjennom bl.a. å plante inn mange nye vekster som han skaffet fra sine kontakter i Europa, men også så mange som mulig av rikets ville planter; 1642 utgav han en katalog over plantene i hagen. 1640 ble Sperling beordret til å følge Ulfeldts svoger Hannibal Sehested til Spania som dennes lege, og 1642 ledsaget han Ulfeldt til England. 1644 ble han avskjediget fra stillingen som kongelig botaniker, og etter dette var han ikke lenger særlig aktiv innen botanikken. Han besøkte aldri mer Norge.
Sperling ble tatt til nåde igjen mot slutten av Christian 4s regjeringstid, men under den nye kongen valgte han på ny å støtte Ulfeldt. 1653 reiste han til Ulfeldts i Sverige, der han en tid var dronning Christinas livlege. Han ble erklært persona non grata i Danmark, og 1664 ble han kidnappet nær Hamburg, der han da bodde. Han ble anklaget for delaktighet i Ulfeldts komplott og fengslet i Blåtårn i København, samme sted som Ulfeldts hustru Leonora Christina (Christian 4s datter) tilbrakte sitt mangeårige fangenskap; i motsetning til henne døde Sperling i fengselet. Begge skrev de sine erindringer under fangenskapet: Leonora Christinas beretning, Jammersminde, er gått til litteraturhistorien, mens Sperlings, skrevet på tysk, er mindre berømt. De gir likevel et interessant innblikk i forholdene i Norge og Danmark på denne tiden, skjønt deler av teksten oppfattes som upålitelig, siden den er farget av hans sympati for Ulfeldt og delvis er et selvforsvar, samt nedtegnet lenge etter hendelsene som beskrives.
Sperling etterlot seg en del plantelister og et viktig herbariemateriale, bl.a. fem norske eksemplarer som finnes i det berømte Burser-herbariet (nå i Uppsala). Botanikeren Martin Vahl kalte opp en planteslekt etter ham, Sperlingia (nå Hoya, porselensblomst).