Saltsyre produseres av slimhinnen i magesekken og bidrar sammen med pepsin til fordøyelsen av maten. Syremengden reguleres av hormonet gastrin, som i sin tur påvirkes bl.a. av fødeinntak. Syre er nødvendig for dannelse av magesår, men er sjelden årsaken i seg selv. Derimot vil syrehemmende behandling være effektivt både ved magesårsykdom og spiserørsbetennelse. For lite magesyre forekommer ved kronisk magekatarr, og krever vanligvis ingen behandling.