En gruppe naturstoffer med kompleks kjemisk struktur laget i sekundærmetabolismen hos bakterier, aktinobakterier, sopp, alger og planter. Polyketider har økologiske funksjoner i interaksjon mellom organismer. Mange polyketider har fysiologiske effekter på dyr og mennesker. Eksempler på polyketider er mange typer antibiotika, mykotoksiner i sopp, samt fytotoksiner i planter.