Karbamylfosfat, kjemisk forbindelse som avledes av karbamidsyre. Karbamylfosfat er anhydridet med fosforsyre av karbamidsyren, og har altså strukturen H2N–CO–OPO3H2. Forbindelsen dannes ved enzymkatalyserte prosesser som forløper noe forskjellig i dyr og bakterier, men i begge tilfeller trengs to molekyler ATP for dannelsen av et molekyl karbamylfosfat. Karbamylfosfat er av betydning ved at det inngår i ureasyklusen og også i biosyntesen av pyrimidiner.