Hovedrot, betegnelse for plantens første rot. Den er oppstått av kimroten og danner en direkte fortsettelse av denne. Hos de tofrøbladede og de nakenfrøede utvikler hovedroten seg kraftig og får mange grener. Når den er mye kraftigere enn sine grener, kalles den pælerot, som f.eks. hos gulrot, gjetertaske og løvetann. De enfrøbladede har gjerne en tynn og svak hovedrot, som dør tidlig. Den erstattes hos disse plantene av birøtter (se birot).