Gelkromatografi, spesialform av kromatografi der man benytter en gel som stasjonærfase. Metoden er velegnet til separasjon av molekyler med hensyn på størrelse. Dersom gelen er vandig, kalles metoden for gelfiltrering, mens betegnelsen gelpermeasjonskromatografi ofte brukes når det er snakk om geler som er svellet i organiske løsemidler.