Affinitetskromatografi er metoder utviklet i 1980- og 1990-årene for separering av antigener eller andre proteiner. Et antistoff eller et annet protein kobles kovalent til støttemediet. En løsning med antigen eller annet protein som vil reagere med proteinet som er koblet til støttemediet, sendes gjennom søylen. Når søylen vaskes med en saltløsning, eller pH endres, løsner det ønskede antigen eller protein og kan samles opp.