Slavonia kom ca. 1000 under Ungarn og ble på 1500-tallet erobret av tyrkerne, som 1699 måtte avstå landet til habsburgerne. Store deler av området kom da til å inngå i den østerrikske administrative enhet, Militærgrensen (se Serbia, historie). 1867–1919 var Slavonia sammen med Kroatia en del av Ungarn, 1919–91 en del av Jugoslavia. Etter at Kroatia trakk seg ut av den jugoslaviske føderasjonen 1991, brøt det ut krig, og Slavonia kom først under serbisk kontroll. Som ledd i en fredsplan ble i 1992 FN-styrken UNPROFOR utplassert i de serbisk-kontrollerte områdene. Etter en rekke forsøk fra det internasjonale samfunnet på å få tilbakeført Slavonia til Kroatia på fredelig vis, tok Kroatia Vest-Slavonia tilbake med makt i 1995. Samme år ble det inngått en avtale om tilbakeføring også av Øst-Slavonia. Se også Kroatia (historie).