Ved den keltiske byen Radasbona (mlat. Ratisbona) anla romerne ca. 180 e.Kr. en grensefestning, Castra Regina. Ca. 530 ble Regensburg hovedstad for hertugen av Bayern, og under Ludvig den tyske ble den 827 hovedstad i det østfrankiske karolingerrike. Fra 1000- til 1200-tallet var den det sørøstlige Tysklands viktigste handelsby og i 1245 ble byen fri riksstad. I rikssalen i byens gamle rådhus holdt den tyske riksdag sine møter fra 1663 til 1806. Byen og bispedømmet var geistlig fyrstedømme for Napoleons tilhenger K. T. von Dalberg 1803–10, ble erobret og brent av franskmennene 1809, og kom under Bayern 1810.