Plantelivet på Filippinene er frodig og ligner plantelivet på de andre øyene i Øst-Asia, men det finnes kontinentale sørøst-asiatiske fjellplanter på Luzon. Noen få australske planter forekommer også. Over 60 % av artene er stedegne (endemiske) for Filippinene. Langs kystene vokser mangroveskoger. Over halvparten av arealet er skogkledd, men en stor del er uproduktiv sekundærskog. Savanne og myr dekker store områder.