Vegetasjonen består av tropisk regnskog med sekundær bambusskog i sterkt utnyttede områder og mangroveskog langs kysten. Floraen i den malaysiske regnskogen er en av de artsrikeste i verden. Det er over 8000 arter høyere planter, over 2500 er trær, mange er økonomisk viktige. Artsdiversiteten er høy, én dekar skog kan inneholde over 200 trearter foruten busker, lianer, urter og epifytter, bl.a. mange orkideer. Pga. intensiv utnytting er den malaysiske regnskogen en truet naturtype.