Ca. tre firedeler av landet er dekket av tropisk regnskog, som omfatter mer enn 3000 forskjellige arter trær og andre planter, bl.a. mahogni, ibenholt og okoumé, et hardvedtre som danner ryggraden i Gabons skogbruk. I Ogooué-deltaet og ved Gabon-flodens utløp vokser mangrove. I de tørrere sørøstlige og sørlige delene av landet består vegetasjonen av savanne og skogsavanne.