Etablert i 2004, Napoli, etter at den tidligere kommandoen Allied Forces Southern Europe var avviklet. Etableringen av JFC Naples var et ledd i omformingen av NATOs kommandostruktur for å oppnå en mer fleksibel og effektiv utnyttelse av de militære kapasitetene til å mestre de operative utfordringene i det 21. århundre.