Frøysjøen er en fjord i Bremanger kommune, Sogn og Fjordane. Frøysjøen er 25 kilometer lang og 2-4 kilometer bred. Fjorden ligger mellom øya Bremangerlandet og fastlandet ved det søndre innløp til Nordfjord, og fjorden er dyp og ren. I Frøysjøen går skipsleia.