Comayagua, by i Honduras, ved Río Humuya, 35 km nordvest for Tegucigalpa; 56 300 innb. (2003). Handelssenter; produksjon av sko, sement, keramikk m.m. Katedral (tidligere bispesete). Comayagua ble anlagt 1537, hadde et universitet og var til 1880 hovedstad i republikken. Mange indianske ruiner.