Per Kværne er religionshistoriker med tibetansk kultur og religion som spesialfelt. Han har grunnlagt tibetologi som akademisk disiplin i Norge og har en ledende stilling i det internasjonale fagmiljøet på dette området.
Etter examen artium på latinlinjen ved Nadderud gymnas 1963 studerte Kværne indisk filologi ved Universitetet i Oslo og tok magistergraden 1970 med avhandlingen Bonpo Studies: The A Khrid System of Meditation og med engelsk og religionshistorie som støttefag. I tillegg til sanskrit, det sentrale elementet i studiet, studerte Kværne i disse årene tibetansk, dels hos professor Nils Simonsson i Oslo, dels som engelsklærer for eksiltibetanere i India, dels under et studieopphold i Paris.
1970–75 var Kværne universitetslektor i religionshistorie i Bergen. Med avhandlingen Songs of the Mystic Path. A Study of the Caryagiti tok han 1973 den filosofiske doktorgrad ved Universitetet i Oslo, der han 1975 ble utnevnt til professor i religionshistorie. I denne stillingen har han spilt en sentral rolle i utviklingen av det religionshistoriske fagmiljøet i Norge. Mens hans forgjengere i hovedsak hadde konsentrert sin oppmerksomhet om religionene i Midtøsten, har Kværne bidratt til å vekke interesse for India og Tibet.
Fra 1991 er 50 % av Kværnes stilling formelt definert som et professorat i tibetologi, og det er først og fremst på dette feltet han har plassert seg som en internasjonalt anerkjent forsker. Hans særlige arbeidsområde har vært den såkalte bon-religionen (uttales: bøn), en tibetansk religiøs tradisjon som til tross for mange likhetstrekk med buddhismen også har vesentlige særtrekk, og som av sine tilhengere regnes for å være den opprinnelige religionen i Tibet. Kværne har hatt jevnlige studieopphold i bon-religionens klostre, særlig i India, men også i Tibet.
1989–91 var Kværne tilknyttet Nordisk Institut for Asien-studier i København, der han ledet en forskningsgruppe av tibetologer; tilsvarende ledet han 1995–96 en gruppe på 7 forskere, derav tre fra Tibet, ved Senter for høyere studier ved Det Norske Videnskaps-Akademi. Denne gruppen gjennomførte katalogiseringen av bon-religionens hellige skrifter, i alt 191 bind, som Kværne tidligere hadde skaffet Universitetsbiblioteket i Oslo et sett av.
Kværne er medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi siden 1976. Sammen med andre yngre tibetologer tok han initiativet til en internasjonal organisasjon for tibetstudier (IATS, grunnlagt 1979), der han hele tiden har deltatt aktivt, først som styremedlem, fra 1992 som generalsekretær. Siden 1992 har han vært leder for Instituttet for sammenlignende kulturstudier og siden 1993 redaktør for tidsskriftet Acta Orientalia, et av de viktigste internasjonale organene for orientalske studier.
Helt fra studietiden har Kværne engasjert seg sterkt i arbeidet for menneskerettigheter i Tibet, fra 1991 også i Burma. Han var med og stiftet Den Norske Tibet-Komité og har i flere år sittet i komiteens styre. Han var også en av initiativtakerne til etableringen av Nettverk for universitetssamarbeid Tibet-Norge (1994) og er fra 2001 dets nestleder.