I Norge og blant de norske baptister fremstår Nils J. Engelsen som betydningsfull på flere ulike felter. Han var teologen som i mer enn 40 år utdannet pastorer og misjonærer, og utfordret til fornyelse av baptistisk teologi, ikke minst dåpsteologien. Han var også skolebyggeren som i to faser stod i spissen for oppbyggingen av Det Norske Baptistsamfunns skolesenter i Bærum.
Engelsen vokste opp i Vesterålen og Tromsø i en familie med sterk tilknytning til sjø og skipsfart. Han hadde tidlig ønske om maritim utdannelse, men måtte oppgi det på grunn av fargeblindhet. Isteden tok han ettårig aftenskole og arbeidet i flere år som handelsbetjent i Honningsvåg. I denne tiden opplevde han 1934 en religiøs forandring som skulle komme til å bestemme hans livskurs. Han ble baptist, og begynte snart å interessere seg for teologien. Høsten 1937 deltok han i et bibelkurs ved Baptistenes Misjonsskole i Oslo, og arbeidet deretter ett år som reisepredikant i Det Norske Baptistsamfunn.
1938–42 studerte Engelsen ved Baptistenes Misjonsskole, Det Norske Baptistsamfunns utdannelsesinstitusjon for pastorer og misjonærer. 1942–48 studerte han ved Universitetet i Oslo, samtidig som han underviste som timelærer ved Baptistenes Misjonsskole. Han ble cand.theol. 1948, og fortsatte studiene ett år ved Andover Newton Theological School i Boston, USA, med permisjon fra Misjonsskolen, hvor han sommeren 1948 var blitt ansatt i fast stilling. Fra 1950 til 1985 var han rektor ved Baptistenes Misjonsskole, som fra 1958 fikk navnet Baptistenes Teologiske Seminar (BTS).
I sin rektortid var Engelsen pådriver for flere faser av utbygging av baptistenes skolesenter. 1958 stod et felles skoleanlegg for BTS og baptistenes nystartede folkehøyskole ferdig. Etter samdrift i 1960-årene tok Engelsen initiativet til en deling av skoleanlegget og bygging av egen skole for BTS, som ble innviet 1978. Uten hans visjoner og praktiske innsats ville denne utviklingen ikke vært mulig.
Engelsen var også en økumenisk pioner blant norske baptister. Han satt i en rekke styrer og utvalg i økumeniske fora, bl.a. representerte han i årene 1950–67 Baptistsamfunnet i den av biskop Eivind Berggrav organiserte Kontaktkretsen for kirkesamfunn. Han var medlem av komiteen for Bønneuken for kristen enhet 1965–91, styremedlem i Det norske Bibelselskap 1978–87 og medlem av oversettelsesutvalget der 1985–91, medlem av den internasjonale dialogkommisjon mellom Det lutherske verdensforbund og Baptistenes verdensallianse 1986–90 og medlem av gruppen for bilaterale læresamtaler mellom Den norske kirke og Det Norske Baptistsamfunn 1984–89. Han foreleste ved Det teologiske fakultet ved Universitetet i Oslo 1975–85.
Nils J. Engelsen var medlem av eksekutivkomiteen i Baptistenes verdensallianse 1960–65 og av dens Commission on Doctrine and Interchurch Cooperation 1970–89. Han arbeidet, ikke uten betydelig motstand de første årene, for en åpnere økumenisk holdning i sitt kirkesamfunn, samtidig som han i økumenisk sammenheng profilerte baptismen på en markant måte. Innen internasjonal baptisme var han etterspurt som foreleser og taler.
Innad i Det Norske Baptistsamfunn gjorde Engelsen, i tillegg til sitt arbeid innen skolesektoren, også en betydelig innsats på andre felter. Han var bl.a. medlem av Baptistsamfunnets hovedstyre 1956–69 (formann 1963–65), leder i styret for Norsk Litteraturselskap A/S 1973–86 og ansvarlig redaktør for Baptistsamfunnets ukeblad Banneret 1950–63.
Engelsen hadde som ung hatt interesse for videre studier og forskning, men fikk senere liten tid til det. I løpet av to hektiske år (1968–70) ved Yale University i USA ervervet han seg imidlertid to akademiske grader, en Master-grad 1969 og 1970 en Ph.D.-grad på en avhandling om tungetale. Hans faglige litterære produksjon er forholdsvis liten. Han leverte noen bidrag til teologiske samleverk og skrev en del debattartikler og fagartikler av mer populærteologisk karakter.
Som debattant kunne Engelsen være skarp i formen, med strenge krav til resonnementers holdbarhet, både egne og andres, og var nok fryktet av mange meningsmotstandere. På det personlige plan var han omgjengelig, familiekjær og sine venners venn. Et fremtredende trekk var lojalitet, både mot sin egen overbevisning og mot den sammenheng han arbeidet i.
Nils J. Engelsen ble kreert til æresdoktor ved Northern Baptist Theological Seminary i Chicago 1962, og 1979 fikk han Kongens fortjenstmedalje i gull.