Filologisk embetseksamen med historie hovedfag dannet et godt grunnlag for Magnus Jensens senere yrke og livsverk. Han fant raskt sin plass som filolog og pedagog i det videregående skolesystem, både som lektor og rektor. Tid og engasjement gav også rom for videre studier og forfatterskap av en rekke lærebøker i norsk og nordisk historie. På den måten bidrog han til å prege historisk kunnskap og vurdering hos en hel elevgenerasjon. Under okkupasjonen var Magnus Jensen en drivende kraft på den sivile siden i hjemmefrontens samlede ledelse.
Jensen vokste opp i et sjømannshjem i Arendal, men så tidlig for seg en mer teoretisk preget yrkesvei. Etter examen artium 1920 tok han fatt på filologstudiet ved universitetet i Kristiania. Både i studiet og senere i yrkeslivet valgte han historie som hovedfag. Etter fullført embetseksamen 1929 gikk Jensen straks inn i undervisningsstilling ved Hamar katedralskole, først som årsvikar og det siste året, 1930–31, i fast lektorstilling.
Etter fire år som lektor i sin fødeby kom Jensen til Oslo 1935, hvor han først var lektor ved Ris og fra 1946 rektor ved Sinsen høyere skole. Mest kjent ble han som rektor ved Aars og Voss' skole, der han fungerte fra 1953 til skolen ble nedlagt 1969. Som skolemann fremstod Magnus Jensen som en filolog og humanist av fineste merke. Han tok livet, kollegene og elevene høytidelig, sier en av hans mangeårige medarbeidere. Med en enorm respekt for begrepet læring var kunnskap for ham noe foredlende, noe som skulle gjøre en til et bedre menneske. Dette gjaldt ikke bare historie og andre teoretiske fag, men også fag som gymnastikk og musikk.
Spesiell kunnskap og innsikt dokumenterte Magnus Jensen gjennom flere bøker om Norges og Nordens historie. Flere av hans lærebøker i historie for realskole og gymnas kom ut i flere utgaver og opplag. De var preget av skjønnsomt faktautvalg og pedagogisk tilrettelagt fremstillingsmåte. Av de allmenne historiebøkene er Jensens Norgeshistorie fra 1660 til våre dager mest kjent. Den kom først ut 1938, som del av De tusen hjems bibliotek, senere i flere nye utgaver. Et mer spesielt verk var Byer og bykultur (1944, ny utgave 1966). I mange år (1945–59) fungerte Jensen som sensor i historie ved Universitetet i Oslo.
Under okkupasjonen var Jensen aktiv i ulike motstandsgrupper: fra 1942 i Lærerledelsen/Osloringen, fra 1943 i Koordinasjonskomiteen (KK) og fra 1944 i Kretsen og Hjemmefrontens samlede ledelse. Etter krigen var han med i Undersøkelseskommisjonen for militære, lærere, aviser og politi, og han ledet den organiserte innsamling av kildemateriale til historien om okkupasjonsårene.
Magnus Jensen var med i styret for Norsk lektorlag 1945–51, og han var formann for Statens ferieråd og for Feriefondet 1949–54.