Som misjonær og teolog satte Johannes Johnson dype spor etter seg i både madagassisk og norsk kirkehistorie, og han var en viktig formidler mellom kirke, misjon, kultur og samfunn.
Johnson vokste opp i Alvdal og Trondheim, og han tok examen artium som preseterist 1881. Deretter gikk veien videre til teologiske studier ved universitetet i Kristiania. Et møte med Lars Skrefsrud “bragte mig til et religiøst gjennembrud som er blevet mit livs lykke og afgjørende for min skjæbne i all tid”. Kall til misjonærtjeneste var en del av dette. Senere måtte han avbryte studiene og reise til sjøs i tre år på grunn av overanstrengelse, men han gjennomførte teologisk embetseksamen 1889.
1892 giftet Johnson seg med Dagny Heidenreich og reiste til Madagaskar som misjonsprest for Det Norske Misjonsselskap. Etter et mislykket forsøk på å etablere misjon blant Bara-stammen underviste han ved preste- og lærerskolen, bestyrte flere stasjoner i innlandet og virket som inspektør for misjonens ca. 1000 skoler, inntil han reiste tilbake til Norge 1911.
Johnson hadde en skarp kritisk evne og nytenkende kraft. Han tok et kraftig oppgjør med tidens raseteorier og vestlig kolonialisme. Like kritisk var han overfor fremstillingen av naturfolkene i en “lykkelig uskyldstilstand”. Gjennom skolearbeidet ville han verne det gassiske folk i det han så som et dobbelt press mellom kolonimakten og destruktive elementer i den nedarvede kultur. Med sine språkkunnskaper, innlevelse og kontakt med folket ble han en pådriver for selvstendiggjøringen av den gassiske kirke. En viktig forutsetning for dette var at kristendommen måtte få et gassisk preg. Johnson kritiserte derfor overføring av liturgier o.a. fra Norge og stilte seg åpen for den stedegne gassiske vekkelsesbevegelsen, som med økende kraft gjorde seg gjeldende fra 1895. Han utarbeidet også en forklaring som aktualiserer Luthers lille katekisme i en gassisk kontekst.
Johannes Johnson var også en økumenisk pådriver. I boken Det første hundreaar av Madagaskars kirkehistorie behandler han alle kirkesamfunns historie i ett perspektiv og uttrykker håp om at de må bli samlet i “ett samfund ogsaa i det ytre”. Han hadde kontakt og prekenfellesskap med andre kirkesamfunns misjonærer og oppfordret gassiske prester til det samme.
Han spilte også en viktig rolle som formidler av misjonsinformasjon. Artikkelen Lad oss se nøgternt på Missionen uttrykker et informasjonsprogram. Her kritiserer han både misjonsbevegelsens standariserte beretninger om kamp og seier og enkeltmenneskers personlig-religiøse utvikling, og den ikke-religiøse presses nesten like standariserte fremstilling av misjon som “en eneste stor dumhet”. Johnson ville fremme et tredje standpunkt, som er forpliktet på “Kristi klare bud: Bring evangeliet ut til alle folk”, men som alltid vil ha en våken kritikk overfor alt som er av menneskelig opprinnelse, “og som – skal jeg sige aldrig – er ganske kjemisk frit for humbug”.
Johnsons posisjon i Norge vokste gjennom et hjemmeopphold 1901–03, da han ble svært hyppig benyttet som taler og foredragsholder. 1911 spurte Kirkedepartementet om han ville motta bispeembetet i Tromsø, men Johnson avslo med henvisning til sitt misjonskall. Helbreden satte imidlertid en stopper for ny utreise, og de siste år av sitt liv var han hovedlærer ved det praktisk-teologiske seminar, inntil han døde brått av hjerteslag 1916.
Johannes Johnson var en tennende personlighet. Han gjorde et overveldende inntrykk som taler og predikant. Han brant for ungdomsarbeidet og betydde mye for misjonsengasjementets spredning til den akademiske verden. Han var også en aktiv salmedikter og forfatter – både på norsk og gassisk. Hans Husandaktsbog er trolig en av de mest brukte i Norge på 1900-tallet.
“Johannes Johnson var gjennom 20 år en av de mest levende og kjente menn i Norge,” sa Eivind Berggrav om ham. Gjennom sitt energiske og lyse vesen, sin varme og empati vant han mange, men hans kritiske natur og utålmodige og ukonvensjonelle måte å arbeide på skapte også motstand og misforståelser.