Johan Thonning Owesen arvet en stor formue og kjøpte familien von Kroghs gods Leira ved Trondheim. Han var barnløs og etterlot sin store formue til velgjørende formål. Han fortsatte dermed en trondheimstradisjon som har Thomas Angell som en av sine fremste representanter og som ble videreført av bl.a. konsul Adolf Øien.
Thonning Owesens far hadde, i likhet med mange andre store næringsdrivende i Trondheim, kommet til byen fra Flensburg i Sønderjylland; moren var irsk. Familien oppholdt seg i lengre perioder i Irland, men samme år som sønnen Johan ble født, flyttet de til Trondheim, og Thonning Owesen vokste opp der og på landstedet Ballyshannon (nå Louiselyst), oppkalt etter hans mors hjemsted. Moren døde da han var bare tre år gammel, og faren fem år senere. Resten av oppveksten tilbrakte han hos morens familie i Irland, men mot familiens ønske vendte han 1822 tilbake til Trondheim, hvor han hadde arvet en stor formue etter sin far. 1829 kjøpte han gården Kroghsminde (Leira) av boet etter oberst G. F. von Krogh og bosatte seg der. Eiendommen hadde et innmarksareal på 1040 dekar, og dessuten eide Thonning Owesen 20 000 dekar skog i Tiller, Selbu og Tydal.
Thonning Owesen var i sine yngre dager interessert i å reise, og han var en glad levemann som holdt store fester på Leira og ellers deltok i Trondheims rike selskapsliv. Senere ble han religiøst engasjert og levde deretter rolig på Leira, som han utviklet til et mønsterbruk. Han omgav seg med et stort tjenerskap og drev eiendommen ved hjelp av irske forvaltere. I hans eiertid ble det oppført et nytt, stort uthus på gården. Thonning Owesen trivdes godt i kjøkkenet, hvor hans lenestol var plassert. Hans dødsbo solgte Leira 1900.
Thonning Owesen var ugift, og hans religiøse interesser gjorde at han etterlot sin formue til veldedige formål. Et av hans legater oppførte 1898 Leira bedehus (senere kapell) i dragestil. Legatet eier fremdeles kapellet. Ellers etterlot han en stor sum til Den nordenfjeldske Blindeskole, som ble etablert på Gløshaugen i Trondheim 1886. En del av midlene ble 1907–12 benyttet til å oppføre Dalen offentlige skole for blinde ved Trondheim, den første landsdekkende utdanningsinstitusjon for blinde i Norge. Blindeskolen hedret Thonning Owesen med en byste, hogd i kleberstein, som flyttet med da skolen 1976 ble omlokalisert til Tambartun i Melhus.
Thonning Owesen opprettet også Stiftelsen Christi Kjærlighed, som skulle dra omsorg for såkalte falne kvinner. Stiftelsen fungerte lenge som en institusjon som reddet unge kvinner ut av prostitusjon og nedverdigende forhold. Thonning Owesen interesserte seg for utdanning og opprettet to skoler som skulle lære ungdom praktisk arbeid, en håndgjerningsskole for gutter og en for piker, og han opprettet et legat som skulle finansiere utdanning for piker og gutter. Han var medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab fra 1858. 1932 ble en gate på Lade i Trondheim oppkalt etter ham.