Jens Lauritz Arup var biskop og stortingsmann. Som biskop var han ortodoks og noe høykirkelig og hevdet kirkens selvstendighet overfor staten; som politiker var han talsmann for religionsfrihet og hadde en vesentlig andel i dissenterloven av 1845.
Han vokste opp i Kristiansand, der faren var knyttet til latinskolen og dessuten klokker. Familien var opprinnelig fra Jylland i Danmark. 1811 ble sønnen sendt til København for å studere ved universitetet, men på grunn av dårlig økonomi måtte han avbryte studiene. Han tjenestegjorde en tid på et dansk-norsk marinefartøy som skipssekretær, og senere var han huslærer på Falster. 1814 kom han hjem til Norge. Han livnærte seg som lærer, og 1818 kunne han avlegge teologisk embetseksamen ved universitetet i Christiania. Arups første embete var som res.kap. i Ullensaker fra 1819. 1825 fikk han en preste- og lærerstilling i Drammen, og 1832 ble han sogneprest i Bragernes menighet samme sted. Han gikk inn i politikken og representerte Drammen på Stortinget 1836, 1839, 1842 og 1845. Der engasjerte han seg i handelsspørsmål og fattigomsorgen og særlig i religionslovgivningen.
Frem mot midten av 1800-tallet ble de gamle religionslovene fra enevoldstiden opphevet eller endret. Konventikkelplakaten og de strenge lover mot ikke-lutherske kristne, kunne ikke forenes med den demokratiske samfunnsoppfatning som var knesatt i 1814. Men selv Grunnloven hadde med sitt jødeforbud illiberale trekk. Sammen med andre fra den liberale intelligentsia ønsket Arup å fjerne de religiøse tvangslovene. Men det var også motstand mot større religiøs frihet. Etter oppdrag fra Regjeringen utarbeidet juristen Claus Winther Hjelm 1840 et forslag til lov om religionsfrihetens grenser som ikke bare opprettholdt, men forsterket religionstvangen. Arup var av dem som klarest gikk imot dette forslaget.
Arup bidrog til konventikkelplakatens opphevelse 1842, og til vedtak av Dissenterloven av 1845. Også Grunnlovens jødeforbud ønsket han fjernet. For Arup gav ikke Grunnlovens statsreligion noen tilfredsstillende kirkeordning. Stat og kirke hadde ulike oppgaver. I statsreligionen ble de blandet sammen. Den norske kirke var et reelt trossamfunn. Derfor måtte statens oppgave begrenses til å ta hånd om den ytre side ved kirkeordningen. Særlig viktig var det at liberaliseringen av samfunnet ble fulgt opp av kirkelige reformer. Den norske kirke – dens prester og menigheter – måtte sikres en nødvendig åndelig frihet når sekulariseringen brøt på. Arup ble stiftsprost i Christiania 1845 og året etter biskop for Christiania stift. Som biskop engasjerte han seg i den kirkelige reformbevegelse som vokste frem fra 1840-årene av – særlig innen geistligheten. Arup ønsket en ny kirkeordning etter synodalt mønster – med menighetsråd lokalt og rikssynode nasjonalt. Stortinget og Kongen skulle fortsatt ha den øverste lovgivningsmyndighet. Men kirkens åndelige liv skulle synodene ta hånd om. I denne skissen lå et kirkelig reformprogram, som har vært virkekraftig helt opp til vår tid.
De kirkelige spenninger i 1850-årene med bl.a. etablering av frikirker og radikal kirkekritikk forsterket kravet om en offentlig oppnevnt reformkommisjon. Arup ble formann i Kirkekommisjonen av 1859. Kommisjonen satt sammen i 11 år, og behandlet en rekke saker som ekteskap og skilsmisse, konfirmasjonen osv., dessuten kirkeordningen. Tross iherdig innsats ble det få resultater. Den politiske vilje til å følge opp kommisjonens forslag var ikke til stede.
Som biskop var Arup en god administrator og en ivrig visitator. Han engasjerte seg lite i tidens teologiske konflikter, men fulgte en konservativ kirkelig linje uten å være lukket for aktuelle samfunnsspørsmål. 1860 var det biskop Arup som kronte kong Carl 4 (15) til norsk konge i Nidarosdomen.