Hermann Hanssøn falt som offer for utrenskingen av prester som myndighetene mistenkte for ikke å være overbeviste lutheranere, og han ble landsforvist med hele sin familie. Resten av hans liv ble preget av en tapper kamp for rehabilitering.
På begynnelsen av 1600-tallet studerte Hermann ved det jesuittiske akademiet i Braunsberg (nå Braniewo, Polen). Da Christian 4 overvar herredagen i Bergen 1604, klaget biskopene i Norge over at unge nordmenn studerte ved jesuittiske skoler. Kongen forbød dette og bestemte at slike unge menn ikke skulle få prestekall. Hermann fortalte senere at da han fikk beskjed om kongens forbud, rømte han hjem til Norge og oppsøkte biskop Anders Bentssøn Dall i Oslo, som sendte ham til Københavns universitet. Etter at han hadde tatt eksamen der, var han 1608 en kort tid famulus, dvs. tjener, hos den nyutnevnte biskopen i Oslo, dansken Niels Claussen Senning, som ordinerte ham til sogneprest i Nes i Hedmark.
1612–13 ble tre prestebrødre, Jacob, Evert og Christoffer Hjort, beskyldt for å være hemmelige katolikker, og mistanken ble også rettet mot Hermann; de ble stevnet til herredagen i Skien 1613. I overensstemmelse med en ny lov mot katolikker ble deres gods konfiskert, og de ble landsforvist.
Hovedkilden til rettsoppgjøret mot Hermann Hanssøn er et forsvarsskrift som han leverte til Oslo domkapittel i desember 1617. Da hadde han vendt tilbake til Norge og var blitt stevnet inn for domkapittelet av stattholder Enevold Kruse, beskyldt for å ha brutt landsforvisningen uten kongens tillatelse. Han forsvarte seg med at han hadde hørt at kongen hadde opphevet landsforvisningen mot prestene. Utenlands hadde Hermann vært håpløst fattig: “jeg visste meg nå ingen annen råd i verden enn å begi meg med kvinne og elendige barn tilbake igjen i mitt fedreneland.” Han viste til et godt skussmål fra menigheten som forsikret om at han på alle måter hadde opptrådt korrekt og godt som prest. Det er tydelig at sympatien i Norge var på de avsatte prestenes side, for biskop Senning, som ledet rettsoppgjøret, ble husket som “den onde biskop”.
Domkapittelet konkluderte rettsmøtet med at dette var en sak for den verdslige øvrigheten. Stattholderen sørget for en kjennelse, trolig en lagmannsdom, for ifølge et brev fra Christian 4 til Enevold Kruse april 1618 hadde Kruse skaffet dom for “at han [...] skal være uti Vår nåde og unåde”. Christian 4 bestemte at Hermann straks skulle sendes til slottet Dragsholm på Sjælland; det ble brukt som fengsel for statsfiender. Vi vet at han senere satt fengslet i Vordingborg, og november 1619 bestemte kongen at han skulle slippe løs derfra. Men han fikk ikke vende tilbake til sitt fedreland. I årene som fulgte, oppholdt han seg igjen i utlandet, som før 1617 mest i Sverige.
I juni 1626 skrev kronprins Christian til stattholder Jens Juel at Hermann hadde fått Christian 4s tillatelse til å reise hjem til Norge mot at han skaffet kausjonister som garanterte at “han seg heretter skikkelig og vel skulle forholde”. Året etter spurte Juel kongen om Hermann kunne gis lov til å få et geistlig kall eller en skoletjeneste, men svaret var tvert nei. Hermann hadde både innflytelsesrike venner og fiender. De første klarte 1629 å få stattholder Christoffer Urne til å beskikke ham til sorenskriver på Hadeland, de siste lyktes i å få ham avsatt 1633; det hjalp ikke at allmuen også der gav ham et godt skussmål for embetsførselen. Til herredagen i Bergen 1637 søkte Hermann nok en gang om å få lov til å bli prest igjen – nå hadde han 12 barn! Men Christian 4 lot seg ikke rokke, det ble avvist.
Dermed måtte Hermann klare seg som best han kunne. Han bosatte seg i sin tidligere menighet, på Mølstad i Nes, som han hadde eid i sine velmakts dager. Her spedde han på inntektene ved å opptre som prokurator, også det satte ham i en utsatt stilling, fordi profesjonell prokuratorvirksomhet var forbudt på landsbygda. Den tidligere fogden Nils Erikssøn klaget gjentatte ganger over ham og ville forby sine motparter å engasjere ham som prokurator. Nils Erikssøn brukte mot ham at han var avsatt som hemmelig katolikk og klarte å gjøre prokuratorvirksomheten vanskelig for ham, men stattholder Hannibal Sehested stoppet ham ikke helt; han hadde nytte av ham under Hannibalsfeiden i en kommandopost for bondesoldater på grensevakt i Solør. Det ser ut til at Hermann fortsatt var populær på Hedemarken. I november 1650 uttalte tingallmuen i Nes seg meget rosende om ham da han hadde søkt om å få bli sorenskriver igjen, men den visste likevel ikke om han i sin høye alder kunne klare en stilling. Han er ikke omtalt i senere kilder og døde trolig ikke lenge etter dette.
Hermann Hanssøn og hans kone støttet hverandre trofast i all motgang. I et brev til presten Kjeld Stub, som organiserte militære tiltak under krigen 1644–45, bad Hermann om tilgivelse for at han uten tillatelse hadde reist hjem fra grenseleiren i Solør for å se til sin dødssyke kone på Mølstad: “Jeg kan ikke min hustru forlate salva conscientia [med god samvittighet] i hennes store sykdom, som meg in exilio [i utlendighet] og fengsel ikke har forlatt.”