Emil Birkeli var misjonær på Madagaskar og senere lærer og forstander ved Misjonsskolen i Stavanger. Som religionshistoriker ble han en viktig formidler av religions- og kulturkunnskap fra Afrika.
Hans slekt kom fra Vestfold, men flyttet via Hurum mot Oslo. Navnet Birkeli kommer fra Sætre i Hurum. Faren var byggmester og gav sønnen full snekkeropplæring. I ungdomstiden kom Emil med i et stimulerende miljø i Kristiania Ynglingeforening, hvor han erfarte et kall til misjonærtjeneste. Han fikk sin utdannelse ved Misjonsskolen i Stavanger 1897–1902. Birkeli stod sentralt i opprettelsen av Unges misjon i Stavanger, som snart utløste et skred av lignende foreningsdannelser over store deler av landet.
Som misjonsprest på Vest-Madagaskar 1903–19 tilhørte han mellomgenerasjonen som førte misjonsarbeidet fra pionerstadiet (oppstart i 1874) videre mot etableringen av en kirke. Snekkerkyndig som han var, utførte han en rekke byggearbeider og var stadig på farten for å utvide arbeidet fra kyststrekningen og videre innover i landet. Han var en av dem som meget tidlig så nødvendigheten av å etablere en selvstyrt og stedegen madagassisk luthersk kirke, og gikk med stor energi i gang med å legge et grunnlag for dette gjennom arbeidet med “selvhjelpen” – de lokale menighetenes økonomiske uavhengighet av misjonen.
Både som misjonær, og senere som redaktør av flere misjonsblader (1922–38), var Birkeli en av sin tids viktigste formidlere av religions- og kulturkunnskap fra Afrika til Norge (bladet Norsk Misjonstidende hadde 20 000 abonnenter 1927). Ved siden av utallige artikler skrev han flere bøker. Fra Tamarindenes land. Madagaskars vestkyst (1913) er en klassiker innen misjonslitteraturen. Den var den første i rekken av en ny sjanger: misjonsstudiebøkene. Disse skapte en ny retning innen misjonsbevegelsen, en studiebevegelse med betydelig omfang og samfunnsmessig nedslagsfelt.
På Madagaskar la Birkeli grunnlaget for en vitenskapelig innsats. Han var medlem av det madagassiske vitenskapsakademi og leverte en rekke bidrag til dets Bulletin, innenfor emner fra madagassiske dialekter over etnografi og folkeminne til religionshistorie. Han er internasjonalt kjent for sine kunnskaper om Madagaskar. Som lærer (fra 1921), og senere forstander (fra 1937) ved Misjonsskolen fortsatte han sin religionshistoriske forskning, og gav faget for alvor plass og status i misjonærutdanningen.
Emil Birkeli har vitenskapelig betydning gjennom sine studier av folkereligiøsiteten, som han la til grunn for forståelsen av religionshistorien. Studier av fedredyrkelsen på Madagaskar gav bakgrunn og inspirasjon til å studere norrøn religion ut fra en arbeidshypotese om fedredyrkelse som sentrum i dagliglivets religion, også her. Et omfattende studium av litteratur, folkeminnesamlinger og arkeologi gjennom en årrekke fikk nedslag i tre større avhandlinger: Høgsætet. Det gamle ondvege i religionshistorisk belysning, Fedrekult i Norge. Et forsøk på en systematisk-deskriptiv fremstilling (doktoravhandling) og den videreførende studien Huskult og hinsidighetstro. Nye studier over fedrekult i Norge. Emil Birkeli var den første i Norge som ble dr.philos. uten å ha tatt examen artium.
Parallelt med dette drev han misjonshistoriske studier. Hans viktigste bidrag her er boken om pionermisjonæren og kunstneren H. C. Knudsen, En ørkenvandrer. Norges første Afrika-missionær H. C. Knudsen (1925). Arbeidet med denne førte ham inn i rike arkivstudier, som gav en gjenoppdagelse av et stykke norsk misjons- og kulturhistorie. Senere skrev han en omfangsrik Misjonshistorie i to bind. Han har også bidratt til å prege den interne organisasjonshistorieskrivingen i NMS, gjennom det lokalhistoriske arbeidet Liv i vekst. Jubileumsbok for Stavanger krets av NMS 1846–1946 og Det Norske Misjonsselskap i hundre år, bind 4, der han har skrevet delen om Vest-Madagaskar. Særlig hans bidrag til NMS-historien bærer preg av at misjonsforskeren i ham hadde vanskelig for å skille lag med den engasjerte misjonsaktør og forvalter av organisasjonens offisielle historiebilde.
Emil Birkeli var en energibunt med vidåpne sanser og nysgjerrig mot livets mange sider – og samtidig steil og utålmodig. Han kombinerte, som mange ledende misjonsskikkelser i sin tid, en bred internasjonal orientering med en sterk rotfestethet i det norske: norsk natur, kristendomsforståelse og nasjonalfølelse. Emil Birkeli døde i Moelv 1952.