Egil Bakka ledet en rekke viktige arkeologiske undersøkelser på Vestlandet. Blant disse har steinalderboplassen på Ramsvikneset i Radøy hatt en sentral plass i vestnorsk steinalderforskning siden 1960-årene. Her påviste Bakka spor etter en jeger-fisker kultur sterkt påvirket av sørskandinavisk jordbrukskultur og med kontakter med nordområdene. På Stokkset, Sande på Sunnmøre, grov han 1952–55 frem restene av tre langhus fra sen steinalder av en den gang ukjent type i Skandinavia. På Ytre Moa, Årdal i Sogn, undersøkte han det den gang eneste kjente gårdsanlegg fra norsk vikingtid.
Bakka vokste opp i et miljø preget av interesse for det norske målet og for norsk kultur generelt. Etter eksamen ved Stord lærarskule 1951 studerte han nordisk arkeologi ved Universitetet i Bergen, der han ble mag.art. 1955 med støttefagene engelsk og norrøn filologi. 1956 var han British Council scholar med studieopphold i London, Cambridge og Oxford, og 1957 vikarierte han som konservator ved Historisk Museum, Universitetet i Bergen, der han året etter fikk fast ansettelse som konservator. 1966 ble han utnevnt til dosent og 1984 til professor samme sted. 1980–81 var han stedfortredende professor i Frühgeschichte ved universitetet i München. Sine siste leveår var han mye syk, og han ble uførepensjonert 1984, like før sin død.
Bakkas vitenskapelige produksjon er ikke helt enkel å gruppere, men faller i hovedsak innenfor fire temaer: Tidlig jordbrukskultur i Vest-Norge, bronsealderstudier, helleristningsstudier og arbeider som omfatter stilhistorie og kronologi i folkevandringstiden. I tillegg kommer arbeider over ulike emner, bl.a. vekthistoriske studier.
Magistergradsavhandlingen fra 1955, Den eldste jordbrukstida i bygdene ved Hardangerfjorden. Kulturtilhøve og busetning i yngre steinalder og bronsealder, innleder den første gruppen. Den ble 1971 fulgt av en viktig undersøkelse om overgang fra jakt/fiske til jordbruk i Hordaland, i samarbeid med pollenbotanikeren P. E. Kaland.
Med arbeidet Arktisk og nordisk i bronsealderen i Nordskandinavia fra 1976 har Bakka gitt et viktig og ofte sitert bidrag til forståelsen av kulturforholdene i bronsealderen i Nord- og Mellom-Skandinavia.
Interessen for helleristninger resulterte i en rekke viktige arbeider som kronologisk strekker seg fra 1973 og gjennom hele hans yrkeskarriere.
Stilstudiene ble påbegynt allerede under englandsoppholdet i 1956 og resulterte i arbeidet On the beginning of Salin's Style I in England (1959), noe som plasserte ham som en av de mest interessante av forskerne på jernalderens stilhistorie. Også et av hans siste arbeider omhandler stil, men da den yngre stil III. Bakka hadde en egen innlevelse i jernalderens dyreornamentikk, noe som kanskje skyldes at han selv hadde kunstneriske evner, og at han hadde treskjæring som en kjær hobby.
Bakka utmerket seg ved sin faglige bredde, noe som både var en styrke og en svakhet, i og med at det var en rekke viktige arbeider som han selv ikke rakk å fullføre. I alt er seks arbeider med tema fra steinalder, bronsealder utgitt posthumt, i noe bearbeidet form.
Bakka kombinerte dyktighet og engasjement i faget med et sterkt temperament. Dette førte enkelte ganger til ytringer over fagfeller som bidrog til at han i sine siste år ble faglig isolert. Til tross for det, har han satt sterke spor etter seg så vel blant elever som i nordisk arkeologi generelt.