Betegnelse for hvordan atomene i et molekyl er orientert i forhold til hverandre når vi ser bort fra rotasjon om én eller flere enkeltbindinger. Et eksempel:
Butenmolekylet har to forskjellige konfigurasjoner, de to stereoisomerene cis-but-2-en og trans-but-2-en.
Begge isomerene er plane. I ciskonfigurasjonen ligger metylgruppene på samme side av dobbeltbindingen. I transkonfigurasjonen ligger metylgruppene på motsatt side av dobbeltbindingen. Hvordan metylgruppenes H-atomer er orientert er uten betydning. Se også isomeri.
Etanmolekylet, H3C-CH3 har kun én konfigurasjon, men etanmolekylet eksisterer i to konformasjoner syn og anti: