biokjemisk systematikk, det feltet i biologisk forskning som bruker forekomst av kjemiske stoffer i organismen som hjelpemiddel i klassifikasjon av systematiske enheter (slekter, arter). Kjemotaksonomi brukes særlig på planter, men også mikroorganismer. Nyttige stoffgrupper er bl.a. organiske syrer, aminosyrer, flavonoider, terpenoider og alkaloider hos forskjellige familier av høyere planter.
Bestemmelse av aminosyrenes rekkefølge i proteiner er av stor betydning for klassifikasjon av plantegrupper. Det er bl.a. vist ved studier av cytokrom c, plastocyanin og ferredoxin. Av særlig verdi for kjemotaksonomien er forskjellige kromatografiske metoder, vanlig spektroskopi, massespektroskopi, elektroforese og serologiske metoder.
Noen viktige metoder som er tatt i bruk er sammenlignende analyser av proteiner, DNA og RNA. F.eks. har forekomsten av bestemte basepar i DNA-molekyler vist seg å ha stor betydning for systematikken innenfor forskjellige sopp- og bakteriegrupper.