Etter at en polsk borgerklasse hadde vokst frem på 1500-tallet, innskrenket nye lover jødenes virksomhet. De ble fortrengt fra flere byer, bl.a. Warszawa. Bøndenes hat mot herrene vendte seg mot jødiske skatteoppkrevere. I 1648 slo jødehatet ut i lys lue. Under kosakkhøvdingen Khmelnitskijs ledelse ble jødene overfalt, senere også av polakkene i rikets sentrale og vestre deler. I perioden 1648–58 ble hundretusener drept, tvangsdøpt eller tatt til fange og solgt som slaver, 700 menigheter ble utslettet. Med disse massakrer og tapene under Trettiårskrigen var tallet på jøder i verden sunket til under 1 million, det laveste siden diasporaen begynte.
Med den franske revolusjon ble jødenes emansipasjon i Vest-Europa og de tysktalende land innledet, men ble i de sistnevnte land etterfulgt av en reaksjon etter Napoleons fall. I Polen og Russland, som hadde Europas største jødiske befolkning, ble de fortsatt diskriminert. Attentatet på tsar Aleksander 2 1881 utløste omfattende pogromer. Nye pogromer fulgte etter 1900, den i Kisjinjov (nå Chisinau) 1903 var nøye forberedt. Mange inntraff under den russisk-japanske krig. Opptil 2000 pogromer i Ukraina 1918–21 som kostet 60 000 livet, samtidig med pogromer i Lemberg (Lviv) vakte avsky i den vestlige verden. Mange polske jøder flyktet til Tyskland.
Den rasistiske antisemittisme vokste frem på tysk grunn i annen halvdel av 1800-tallet og var rettet mot jødenes sosiale, økonomiske, kulturelle og borgerlige stilling. En rekke antisemittiske skrifter ble utgitt. Til de anklager som tidligere hadde utløst jødeforfølgelser, ble føyd en rekke nye. Jødene ble bebreidet dels at de isolerte seg, dels at de ved emansipasjon og assimilasjon truet med å ødelegge befolkningens «raseegenskaper» og beherske den økonomisk, kulturelt og politisk. Jødene ble betegnet som nasjonalt upålitelige, som kosmopolitter og revolusjonære samtidig som de ble beskyldt for å representere en jødisk nasjonalisme og en internasjonal kapitalisme.
Betegnelsen antisemittisme ble først brukt i en pamflett 1879. I Tyskland ble det stiftet et antisemittisk preget kristelig-sosialt arbeiderparti (1878). Antisemittiske studentforbund oppstod. Fremfor alt skapte Houston Stewart Chamberlain en antisemittisk mentalitet ved sitt verk Die Grundlagen des 19. Jahrhunderts(1899–1901). Hans F. K. Günther og nasjonalsosialismens fremste raseteoretiker, Alfred Rosenberg, la grunnlaget for nazismens raselære og antisemittiske propaganda, som bl.a. kom til uttrykk i Julius Streichers tidsskrift Der Stürmer og i Hitlers Mein Kampf. I Frankrike ble det sist på 1800-tallet pisket opp en forbigående antisemittisk stemning. Reaksjonære katolikker, rojalister, militarister o.a. gjorde jøder til syndebukker for nederlaget 1870–71 (som i Tyskland 1918), og i 1894 ble kaptein Alfred Dreyfus anklaget for landsforræderi. Flere skribenter benyttet løsrevne og forfalskede talmudsitater. I USA drev Ku Klux Klan sin aktivitet. Ellers har antisemittismen i USA vesentlig kommet til uttrykk i den sosiale holdning til jøder. Denne form for antisemittisme fantes bl.a. i keisertidens Tyskland (utelukkelse fra statsembeter). Antisemittismen var også sterk i mellomkrigsårene i Romania.