Isocyanatene er sterkt irriterende for slimhinner og hud, og de fleste av dem kan fremkalle hudallergi. Den mest betydningsfulle skadevirkningen er imidlertid den irriterende og astmafremkallende virkning på luftveiene. Det er særlig toluen diisocyanat, TDI, som gir luftveisskader. Man har derfor i stor utstrekning forsøkt å erstatte bruken av TDI med mindre skadelige isocyanater.