Genmodifiserte planter har fått endret genetisk sammensetning slik at plantene tåler ugrasmidler (herbicider) eller har blitt motstandsdyktige mot insekter eller virus. Andre nye egenskaper som kan oppnås ved genmodifisering er økt holdbarhet og endret næringsinnhold i frukt, grønnsaker og blomster, redusert strekningsvekst, hannsterile planter eller nye fargekombinasjoner på blomster. Genmodifiserte planter brukes i laboratoriene for å studere hvilke gener som bestemmer vekst og utvikling av plantene.
Første trinnet i å lage en genmodifisert plante er å isolere genet som skal settes inn. Det isolerte genet settes inn i en genkonstruksjon sammen med en reguleringssekvens (promoter) som gjør at genet uttrykkes og en termineringssekvens som gjør at transkripsjonen stopper på riktig sted. Genkonstruksjonen blir overført til et plasmid eller DNA-vektor (genbærer) som deretter oppformeres i en bakterie. Kloningsvektorene som bringer genkonstruksjonen inn i plantene inneholder et restriksjonssete hvor transgenet blir satt inn med genspleising ved hjelp av restriksjonsenzymer og DNA ligase. Vektoren inneholder dessuten markørgener som gir resistens mot antibiotika (eks. kanamycin) eller ugrasmidler, slik at man kan identifisere de transformerte plantene eller bakteriene. Markørgenene blir deretter fjernet. Transformerte planter med rekombinant DNA blir laget med modifisert Ti-plasmid fra Agrobacterium, eller ved å bombardere plantedeler med mikroskopiske partikler med gull eller wolfram dekket av DNA. Andre metoder er mikroinjeksjon eller elektroporering med elektriske pulser som åpner porer slik at DNA kommer inn i cellene.
Transformasjonsmetodene forbedres stadig. Stedet hvor transgenet blir satt inn i plantens DNA kan være tilfeldig, og det samme gjelder antall kopier av genet. Transformerte kloroplaster er av spesiell interesse siden disse vanligvis nedarves via morplanten, og transgenet spres derfor ikke med pollen.
Kommersiell bruk av genmodifiserte organismer (GMO) har fått politiske, sosiale, etiske, moralske, økonomiske og vitenskapelige konsekvenser. Genspleisingen bryter de naturlige barrierene mellom arter som naturlig ikke kan krysse seg med hverandre. Mange er usikre på om genmodifiserte organismer kan påvirke helsen til dyr og mennesker, og om det skjer uønskede virkninger på økosystemene. Pollen fra genmodifiserte planter kan spre seg over lange avstander, noe som gjør det vanskelig å holde avlinger og produkter fra genmodifiserte planter atskilt fra de ikke-genmodifiserte.