representant for en av de viktigste jødiske retningene på Jesu tid, omtalt hos den jødiske forfatteren Josefus og i Det nye testamente. En annen viktig kilde er senere rabbinske tekster, først og fremst Talmud.
Det er uklart om navnet er selvvalgt og markerer ønsket om å holde seg vekk fra alt urent, eller om andre har kalt dem «separatister». Muligens kalte de hverandre haverim ('venner'). Navnet fariseer dukket opp litt før år 100 f.Kr. i forbindelse med en protest mot makkabeernes styre. Tidligere hadde en beslektet gruppe, esseerne, organisert seg. Begge grupper kan ha sitt opphav i vekkelsesbevegelsen hasidim ('de fromme'), som ville verne om Toraen (Den religiøse Loven) og jødenes hellige tradisjoner mot makthavernes helleniseringspolitikk (se hellenismen).
Fariseerne stammet fra folket, hadde vanlige yrker og ble ledet av skriftlærde lovfortolkere, rabbinere. Gjennom undervisning og utleggelse i synagogene hadde de stor innflytelse på folkets religiøse liv. På Jesu tid hadde fariseerne også stor makt i sanhedrin – jødenes høye råd.
Til forskjell fra saddukeerne (de mer konservative med base i Jerusalems prestearistokrati), hevdet fariseerne at også den muntlige lovtradisjonen (Tora-she-be-al-peh) var nødvendig, for å kunne leve et hellig liv og overholde de mange lovene i Moseloven. Etter hvert oppsto en overbevisning om at den muntlige tolkningstradisjonen kunne føres helt tilbake til Sinai, og har betydning på linje med lovtekstene nedskrevet i Mosebøkene. En annen forskjell var deres endetidsforventning, bl.a. troen på oppstandelsen – en idé saddukeerne avviste. Fariseerne var opptatt av etikk og moral og av hvordan vanlige mennesker skulle praktisere de mange religiøse forpliktelsene, som tiende av landbrukssprodukter, renhetsforskrifter og sabbatsoverholdelse.
Allerede i århundret før får tidsregnings begynnelse opprettet ledende fariseere egne jeshivaer (akademier), der studenter samlet seg for å studere jødisk lov (halakha) og tradisjon. Det oppsto forskjellige "skoler", der kjente rabbinere utviklet egne tolkningsmetoder. De mest kjente er Hillel og Shammai, som i følge Talmud hadde noe forskjellig syn på hvordan loven skulle praktiseres. Hillels og hans disipler er kjent for å finne mer tolerante, smidige og humane løsninger på omstridte og vanskelige spørsmål enn den noe mer rigide og skrifttro Shammai og hans "skole".
Allerede før romernes ødeleggelse av Tempelet i Jerusalem, i år 70 e.Kr., skal det ha vært en jeshiva i byen Javne (Jamnia) – byen der de lærde, rabbinerne (de såkalte tannaim), fortsatte sitt arbeide etter tempelkultens opphør. På grunnlag av fariseernes tolkningsprinsipper ble det utarbeidet ritualer som kunne praktiseres over alt – og til alle tider. Rabbinerne overtok som jødenes religiøse ledere, og den rabbinske jødedommen ble etter hvert dominerende i hele den jødiske verden. (Se jøder – historie)
I Det nye testamente fremstilles fariseerne som Jesu hovedmotstandere. I de synoptiske evangelier er de den litterære motpol til disippelidealet og beskyldes i stereotype vendinger for hykleri, dømmesyke og pengekjærlighet. Paulus var opplært som fariseer; hans lære om rettferdiggjørelse av tro er et polemisk oppgjør med egen fortid og det han ser som jødisk lovrettferdighet.
Både kristne fremstillinger av fariseerne, og norsk og europeisk dagligtales bruk av ordet fariseer, oppfattes som krenkende av jøder. Kirken har i de senere år vært opptatt av å endre kristendommens tradisjonelle syn på fariseerne.