Enzymer finnes i mat som i alt organisk materiale, og har stor betydning bl.a. for holdbarheten i næringsmidler. Harskning av fett kan f.eks. skyldes enzymatiske reaksjoner, likedan overmodning av frukt pga. enzymer som bryter ned pektinet. Enzymer utnyttes også i fremstilling av matvarer. Mest kjent er kanskje bruk av enzymene rennin og pepsin (osteløype) i produksjon av ost. I brødbaking brukes enzymet amylase for å spalte stivelse og gi næring til gjæren, mens papain eller andre proteaser kan brukes for å svekke proteinet når det er behov for svakere mel. I produksjon av spekepølser har lipaser en viktig funksjon i modningen ved å spalte fett slik at det dannes aromastoffer. Enzymer kan også brukes til å mørne kjøtt (mørsalt).