endotoksiner, bakteriegifter som frigjøres fra gramnegative bakterier, særlig når disse dør og går i oppløsning, men også som en naturlig prosess fra levende bakterier. De skriver seg fra bakterienes cellevegg og er komplekser av lipid (fettstoff) og polysakkarid (karbohydrat), kalles også LPS, lipopolysakkarid, og en proteinkomponent. Giftvirkningen er knyttet til lipiddelen (lipid A).
Endotoksiner regnes som ansvarlige for flere av sykdommene ved gramnegative bakterieinfeksjoner, særlig når det skjer sterk oppformering av bakteriene i blodbanene. Endotoksiner er derfor hovedårsaken til den alvorligste, septiske eller septikemiske, formen av meningokokksykdom, bl.a. med blødninger i selve huden (under overflaten), svikt i flere indre organer, sjokk og evt. død. Se også toksiner.