En åpenbar forskjell til protestantiske kirkesamfunn er pavens sentrale stilling, hans myndighet over Kirken i hele verden, og hans rett til å avgi bindende læremessige utsagn.
Synet på presteembedets karakter og nødvendigheten av den apostoliske suksesjon utgjør fremdeles et ikke ubetydelig skille. Etter mange års arbeid kunne en internasjonal katolsk-luthersk teologisk samtalegruppe fremlegge en «Felleserklæring om rettferdiggjørelseslæren» i 1997. Denne ble undertegnet i 1999 av begge kirkesamfunn, og spørsmålet om synet på rettferdiggjørelsen blir av de fleste teologer ikke lenger ansett som kirkesplittende.
Vektleggingen på relikvier og troen på helgeners evne til å gå i forbønn, endog virke som kanaler for mirakler, blir ofte fremhevet fra protestantisk hold som en vesentlig forskjell. Tradisjonens betydning i den katolske kirke må også nevnes, da dette var en viktig årsak til at protestantene brøt med pavekirken under reformasjonen.
Klosterliv spiller en helt ubetydelig rolle for protestantiske kirkesamfunn, som også er fremmed overfor den katolske kirkes betoning av Maria som forbilde og formidler mellom Jesus og menneskene.